Caracterización filogenética del virus SARS-COV.2 en el noreste Argentino.

VERA CANDIA, G.A.; BADANO, I; PERESON, M.J.; DI LELLO F.A.

Corrientes

Congreso; L Congreso Argentino de Genética. II Jornadas Regionales SAG-NEA; 2022

Sociedad Argentina de Genética

La epidemiología molecular de SARS-CoV-2 en el noreste argentino (NEA) es escasa. El objetivo del trabajo fue la caracterización filogenética de SARS-CoV-2 en el NEA, para describir la circulación de linajes y su probable origen geográfico. Se utilizaron 149 genomas completos disponibles en GISAID para el NEA al 14/8/2021 y depositadas por el Consorcio PAIS. Para cada uno de ellos se incluyeron secuencias con mejor score de alineamiento por BLAST seleccionadas de provincias y países limítrofes y con co-circulación temporal (n=2007). Los alineamientos se realizaron en MAFFT v.7 y los modelos evolutivos se seleccionaron con ModelFinder de acuerdo con criterio de Información Bayesiano. Los árboles se construyeron por Máxima verosimilitud en IQ-TREE v1.6.12 (Ultrafast bootstrap 10.000 réplicas). Se identificaron 5 variantes y 15 linajes: Épsilon (B.1.427), Zeta (P.7), Alpha (B.1.1.7), Lambda (C.37), Gamma (P.1, P.1.2), B.1, B.1.247, B.1.499, B.1.1.28, B.1.1.33, B.1.1.348, B.1.1.519, N.5, P.2. Los linajes B.1 y B.1.499 predominaron durante la primera ola; mientras que P.1 y N.5 lo hicieron durante la segunda ola de contagios. Respecto al origen y dispersión, se identificaron tres patrones principales: 1) Circulación local: B.1 en Chaco; 2) Regional: N.5 para la Argentina; 3) Internacional: en el caso de P.1 se identificó un marcado componente de muestras de Brasil y Paraguay para clusters de Misiones y Formosa que podrían ser atribuidos a los pasos internacionales de estas provincias. Los patrones descriptos presentaron correlación con los datos epidemiológicos disponibles.