Obtención del transcripto y predicción de la estructura secundaria y terciaria de la enzima HST de Ilex paraguariensis

SANCHEZ D.M., D.A. MARTI

Catamarca

Congreso; XLVI Congreso Argentino de Genética, IV Jornada Regional Noa del 1 al 4 De octubre De 2017, San Fernando Del Valle De Catamarca- Catamarca - Argentina.; 2017

La yerba mate representa una parte importante en la dieta en nuestra región, es considerada una fuente de antioxidantes originados por la vía de los fenilpropanoides. La enzima shikimato O-hydroxycinnamoyl transferase (HST) estáinvolucrada en dicha biosíntesis catalizando la reacción: 4-coumaroyl-CoA + shikimate ⬄ CoA +4-coumaroylshikimate. Las estructuras tridimensionales de proteínas (3D) proporcionan información valiosa sobre las bases moleculares de su función, permitiendo un diseño eficaz de experimentos, tales como mutagénesis dirigida, estudios de mutaciones relacionadas con enfermedades o el diseño basado en estructura de inhibidores específicos. Con el objetivo de obtener la estructura molecular 3D de la enzima HST, realizamos una búsqueda blast de dicha enzima en nuestra base de datos anotada del transciptoma de Ilex, utilizando como templado la correspondiente ortóloga de Arabidopsis thaliana. A partir de dicho blast, seleccionamos un hit de Ilex para la enzima según su longitud, identidad y E-value. Luego con este parálogo de Ilex utilizamos el software Chimera minando en la base de datos PDB y tomando el modelo completo de mayor resolución e identidad. Resultó que la enzima HST de Ilex presenta 64,17% de identidad en el alineado contra HST de Solenostemon scutellarioides (UniProtKB: E8ZAP2, PDB: 5KJV_A). El modelo por homología con 5KJV_A seleccionado superó las validaciones de calidad en Ramachandran plotcon 96,6% de los residuos en las zonas favorecidas, Verify3D con todos los valores sobre cero y en Qmean.