Calidad de la Genotipificación por el Bovine SNP50 BEADCHIP® en Bovinos Holando Holando X Jersey

MARIA AGUSTINA RASCHIA; ARIEL AMADIO; JUAN PABLO NANI; HUGO CARIGNANO; MARIA JOSE BERIBE; MARIO POLI

Rosario

Congreso; XV Congreso Latinoamericano de Genética; 2012

Sociedad Argentina de Genética

La genotipificación de alta densidad en el ganado vacuno y los estudios de asociación a nivel de genoma completo brindan la posibilidad de incluir información genética en los programas de selección de reproductores, aumentando la productividad y la vida reproductiva y mejorando la salud del animal. El objetivo de este trabajo fue describir las características de calidad de la genotipificación mediante el Bovine SNP50 BeadChip de Illumina de un rodeo comercial de razas Holando y HolandoxJersey (HxJ) y seleccionar los polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) a usar en estudios posteriores. El ADN utilizado se extrajo de muestras de sangre fresca obtenidas a partir de 1039 animales de raza Holando (n=774) y cruzas HolandoxJersey (n=265). El chip evalúa 54609 SNPs uniformemente distribuidos en el genoma vacuno. Con los resultados se diseñó una base de datos en MySQL, para un manejo más adecuado de los datos. Se evaluó la cantidad de muestras y de SNPs que superaban criterios de calidad previamente establecidos (una tasa de genotipificación del 90% y frecuencias alélicas mínimas mayores al 1%) utilizando PLINK. Un total de 754 animales de raza Holando y 44162 SNPs genotipificados en los mismos superaron los valores umbrales mencionados. Por otro lado, 263 animales HxJ y 45326 SNPs superaron dichos criterios de calidad. Los resultados obtenidos permitieron seleccionar los SNPs a utilizar en futuros estudios para animales Holando y HxJ (el 81% y el 83% del total de los SNPs analizados, respectivamente).