Estandarización de la metodología de ADN ambiental para el estudio de la diversidad acuática del Delta del Río Paraná

ERMINI JACKELINE; FRANZ GIANA; CARABAJAL SOFÍA; VEYÑ MARIANELA; POSNER VICTORIA; DEL PAZO FELIPE; SCIARA ANDRÉS; SIMO IGNACIO; ROMERO MARANO EMANUEL; BORDIN G. FEDERICO; MITCHELL CLARA; TAPIA ELISABETH; BULACIO PILAR; EZPELETA JOAQUÍN; RUBIOLO JUAN ; VILLANOVA G. VANINA

Rosario

Jornada; Primeras Jornadas de Ciencia y Tecnología de la FBIOyF; 2021

Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario

El desarrollo de herramientas genómicas para el biomonitoreo de ecosistemas acuáticos permite conocer e investigar la biodiversidad procariota y eucariota presente en muestras ambientales. Dichas herramientas se basan en la identificación de grupos taxonómicos a través de la presencia de su ADN en el ambiente y la secuenciación conjunta a través de la utilización de tecnologías de secuenciación masiva. En este proyecto nos proponemos utilizar la tecnología de ADN ambiental, utilizando secuenciación de moléculas largas (Oxford Nanopore) para el biomonitoreo de ambientes acuáticos en el delta del río Paraná. Para ello es necesario abordar diferentes etapas: 1) Identificar los sitios de muestreo, 2) establecer la metodología de muestreo y procesamiento del agua, 3) caracterizar la diversidad existente a través de técnicas tradicionales en los ambientes a ser estudiados, 4) estandarizar la extracción de ADN, 5) amplificar las regiones génicas correspondientes a ARN 16S, ARN 18S, y Citocromo oxidasa mitocondrial I (COII), 6) secuenciar y analizar los datos utilizando bases de datos confiables. En una primera fase de este proyecto, hemos seleccionado como sitio de muestreo la isla de los Mástiles, donde se definieron cuatro sitios de colecta correspondientes a lagunas interiores que varían su nivel dependiendo del nivel del río Paraná, y dos de ellas se encuentran en zonas afectadas por incendios el pasado 2020. Se realizaron dos muestreos, uno en noviembre de 2020 y otro en abril de 2021. En cada sitio se definieron dos cuadrantes y se tomaron muestras de 10 litros de agua por duplicado. Se evaluaron también parámetros tales como oxígeno disuelto, pH, temperatura, nitritos y nitratos. También se estimó la profundidad de cada sitio y la turbidez utilizando un disco de Secchi. Se identificaron más de15 especies de peces presentes utilizando mallas de diferente apertura, así como también se realizó la identificación al microscopio de al menos 20 grupos de fito y zooplancton. Cada muestra de agua fue mantenida a 4°C protegidas de la luz hasta el filtrado. El proceso de filtrado consistió en filtrado al vacío utilizando filtros de papel Whatmann y Glass Microfibre GF/C (se realizaron 4 filtrados dado que las muestras tenían gran cantidad desedimentos), y luego un filtrado utilizando filtros PES 0,22 µm. Todos los filtros se mantienen a -80°C hasta el momento de la extracción del ADN. Por otra parte, hemos avanzado en el enriquecimiento de la biblioteca de código de barras de peces del rio Paraná inferior, basada en la secuencia del fragmento COII, contando actualmente con más de 100 secuencias correspondientes a individuos identificados y disponibles en la base de datos Boldsystems (www.boldsystems.org). Fueron realizados los primeros avances para el desarrollo de una metodología que podrá utilizarse para el monitoreo de la biodiversidad en diversos ecosistemas acuáticos, con diferente nivel de intromisión humana y afectación por contaminación, incendios, entre otros.