Metagenómica viral de epitelios cutáneos: evaluación de métodos para estudios de viroma

AGUSTINA CERRI; CAROLINA BERTAINA; ELISA BOLATTI; JULIETA GARCÍA REY; TOMAZ ZOREC; PABLO CASAL; LEA HONSJAK; GUSTAVO PICCIRILLI; ANA MOLTENI; MARIO POLJAK

Rosario

Jornada; XVI Jornadas de Ciencias, Tecnologías e Innovación; 2022

Universidad Nacional de Rosario

Introducción: La flora microbiana de la piel juega un rol crucial en el mantenimiento de la integridad cutánea y funciona como una barrera externa crítica. Distintas investigaciones han demostrado que la disbiosis del microbioma cutáneo se encuentra relacionada con el desarrollo de diversas patologías de la piel, incluyendo la psoriasis. Los virus tienen un gran potencial para modular el estado de salud de la piel; sin embargo, el conocimiento sobre las comunidades virales cutáneas y las relaciones con sus huéspedes es escaso.Objetivos: Establecer una metodología adecuada de metagenómica viral para el estudio del viroma cutáneo en salud y enfermedad.Metodología: Se evaluaron 3 protocolos para el procesamiento de muestras de piel: A) purificación de ADN total; B) filtración + ultracentrifugación + purificación de ADN; y C) purificación de partículas virales. Para ello, se prepararon 3 pooles de hisopados de piel recolectados de 30 individuos sin patologías cutáneas y cada pool fue procesado con los protocolos A, B o C; el ADN extraído en cada caso fue sometido a secuenciación de alto rendimiento (Hiseq 2000, Illumina). Mediante diversas herramientas bioinformáticas, las lecturas obtenidas fueron sometidas a análisis de calidad y clasificación taxonómica con bases de datos virales.Resultados: En total se obtuvieron 1.376.217 lecturas (A: 540.546; B: 349.762; C: 485.909) con parámetros de calidad adecuados, de las cuales 116.265 (A: 20.418; B: 95.621; C: 226) mapearon con 36 familias virales diferentes (A: 28; B: 22; C: 10). El método B fue el más efectivo para obtener la mayor cantidad de secuencias virales. Las familias Papillomaviridae, Genomoviridae, Poxviridae y Arteriviridae fueron las más frecuentemente encontradas entre las familias de virus que infectan vertebrados.Conclusión: Este trabajo aporta información relevante para la selección de protocolos adecuados de procesamientos de muestras cutáneas para estudios orientados a conocer el rol del viroma en patologías de la piel como la psoriasis.Financiamiento: ASaCTei (IO-2019-257), ANPCyT (PICT 2020-00571).