Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en Rosario y sur de la provincia de Santa Fe

AGUSTINA CERRI; ELISA BOLATTI; PABLO CASAL; JULIÁN ACOSTA; ANA LAURA CAVATORTA; VICTORIA POSNER; VANINA VILLANOVA; ADRIANA GIRI

Jornada; XV Jornadas de Ciencias, Tecnologías e Innovación; 2022

Universidad Nacional de Rosario

Desde el mes de diciembre de 2020, las variantes virales del SARS-CoV-2 han impulsado los nuevos casos de la COVID-19 a nivel mundial. La Organización Mundial de la Salud define variantes de preocupación, variantes de interés, y variantes para monitoreo adicional, en función de cambios fenotípicos respecto al aislamiento de referencia o a la presencia de mutaciones que conducen a cambios de aminoácidos asociados con implicancias fenotípicas establecidas o sospechadas. Entre las variantes de preocupación más relevantes se hallan la Alfa, Beta, Gamma y Delta, originalmente detectadas en Reino Unido, Sudáfrica, Brasil e India, respectivamente. Para determinar la posible circulación de estas variantes en nuestro país, se requiere una vigilancia activa de las variantes genéticas del SARS-CoV-2, a través de la secuenciación del genoma completo, o mediante el análisis de secuencias parciales que incluyan marcadores genéticos de interés. Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes se realizaron muestreos en Rosario y localidades del sur de la provincia, considerando el total de muestras analizadas por cada laboratorio bajo estudio, y el total de diagnósticos positivos por RT-qPCR para SARS-CoV-2 realizados, para seleccionar entre 5-11% de muestras positivas. Dado que el objetivo de la vigilancia es conocer las cepas de circulación comunitaria, se excluyeron muestras de individuos infectados en viajes al exterior, sus contactos estrechos y clusters producto de una misma infección. En las muestras seleccionadas, se realizó la secuenciación parcial del gen S de SARS-CoV-2 con el protocolo adaptado del CDC (https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/10/20-1800_article). Para el período comprendido entre el 16/5/2021 al 31/7/2021, correspondiente a las semanas epidemiológicas 20 a 30, se obtuvieron 447 secuencias parciales del gen S de SARS-COV-2. Utilizando herramientas bioinformáticas, a través de la identificación de mutaciones marcadoras, se realizó la asignación de variantes. Como resultado, 378 muestras correspondieron a la variante Gamma (84,6%), 41 a Lambda (9,17%) y 26 a Alfa (5,82%). Ninguna de las secuencias analizadas correspondió a variantes de la primera ola, indicando su reemplazo por estos nuevos linajes virales. Debido a la observación a nivel global del aumento de casos por la emergencia de estas nuevas variantes y en un contexto nacional de vacunación masiva contra la COVID-19, es fundamental continuar con la vigilancia genómica de SARS-COV-2.