DESARROLLO DE MARCADORES FUNCIONALES SNPS E INDELS EN GIRASOL

FUSARI CM; TALIA P; NISHINAKAMASU V; HOPP E; HEINZ RA; PANIEGO NB

San Luis

Congreso; XXXV Congreso Argentino de Genética; 2006

Sociedad Argentina de Genética (SAG)

El objetivo del trabajo es evaluar el potencial de los marcadores moleculares basados en mutaciones puntuales (SNPs) o inserciones y/o deleciones cortas (INDELs) para la caracterización genética del girasol. Éstos representan una nueva generación de marcadores bialélicos que ocurren frecuentemente en los genomas de plantas, incluyendo las regiones codificantes y regulatorias. Para el desarrollo de SNPs e INDELs se diseñaron oligonucleótidos específicos para amplificar regiones de 500 1600 pb para 28 genes candidatos que fueron evaluados sobre dos genotipos de un grupo de 19 líneas de girasol cultivado. Aproximadamente 32% de los oligonucleótidos ensayados originaron un producto único y fueron amplificados en las líneas restantes. Los fragmentos obtenidos fueron secuenciados lográndose un total de 4846 pb de lectura confiable, siendo el 44% de las secuencias, regiones codificantes. A partir de estas secuencias se definieron 52 SNPs y 15 INDELS usando el programa SeqScape (Applied Biosystem), que en promedio representa 1 SNP cada 91 pb.Paralelamente, se analizaron 55,532 ESTs públicos de girasol usando el programa SNP Discovery (Bioinformatics 2003, 19:421 422) encontrándose un total de 47,531 SNPs sobre 4 Mb analizadas, lo cual arroja una frecuencia de 1.04 SNP cada 100 pb. Para confirmar experimentalmente estos polimorfismos y estimar los valores de diversidad en el conjunto de genotipos analizados en este trabajo, se seleccionaron 31 candidatos considerando los parámetros de confiabilidad del SNP provistos por el programa. Los datos preliminares obtenidos en este trabajo sugieren que estos marcadores podrían ser utilizados como marcadores funcionales para la caracterización de caracteres complejos en girasol.