Herramientas genómicas para el mejoramiento asistido de girasol: búsqueda de EST?SSRs y desarrollo de un mapa genético de referencia

TALIA P; NISHINAKAMASU V; FUSARI CM; HOPP E; HEINZ RA; PANIEGO, NB

Foz do Iguaçu

Congreso; 52º Congreso Brasilero de Genética. 12º Congreso de la Asociación Latinoamericana de Genética.; 2006

Sociedade Brasileira de Genética (SBG)

En este trabajo se describe la integración de 162 SSRs en un mapa de ligamiento construido con AFLPs (Theor Appl Genet 2004, 109: 1353-1360) sobre una población de líneas recombinantes endocriadas (RILs) obtenidas del cruzamiento de RHA266 x PAC2 (Dr. Gentzbittel, EMSAT, Francia). Los marcadores SSR incorporados fueron seleccionados de la colección INTA (Paniego et al., 2002) y SSRs públicos de la colección de la Universidad de Oregon (Tang et al., 2003). El largo total del mapa es de 2180.7 cM con una densidad promedio de 4.1 cM por locus. Este valor representa una cobertura de 96% del genoma de girasol estimado según el método de Chakravarti et al. (Theor Appl Genet 1991, 107:6?19).La mayoría de los marcadores previamente localizados en un mapa público de girasol (Theor Appl Genet 2002, 105:1124?1136) segregaron en los mismos grupos de ligamiento permitiendo estandarizar la nomenclatura a partir de los SSRs comunes a ambos mapas.El mapa de AFLPs-SSRs actual sirve de marco para el mapeo progresivo de marcadores codominantes (SSRs fundamentalmente), y la incorporación de marcadores funcionales como EST-SSRs, INDELS y SNPs. De los 550 microsatélites desarrollados en el laboratorio, aproximadamente un 31% resultó informativo para los genotipos parentales de la población en estudio, de éstos un 30% ha sido incorporado al mapa de referencia utilizando técnicas de genotipificación manuales, el 70% restante está siendo analizado sobre la misma población usando una técnica automatizada de genotipificación por electroforesis capilar de fragmentos marcados con fluorescencia.Para la identificación de marcadores funcionales se analizaron las secuencias correspondientes a 20.520 genes tentativos (TC) definidos por TIGR (www.tigr.org) en el índice de genes de girasol cultivado (HAGI). Para el descubrimiento de EST-SSRs se uso el programa ?SSR Discovery? (Bioinformatics 2004, 9: 1475 ? 1476), un total de 1957 candidatos fueron identificados por el programa, se seleccionaron en primera instancia 127 EST-SSRs que responden a distintos criterios de selección. A partir de este conjunto de candidatos se sintetizaron inicialmente 60 pares de oligonucleótidos que fueron amplificados sobre ADN proveniente del cruzamiento RHA266 x PAC2 con el fin de identificar marcadores informativos. Un 17% de los EST-SSRs analizados resultaron funcionales e informativos para las líneas parentales de la población de mapeo de referencia y están siendo genotipificados en las RILs mediante electroforesis capilar para ser incorporados al mapa descrito previamente.