NGS implementation in a paediatric Public hospital for the diagnosis of genetic endocrine disorders: preliminary results using clinical exome

PA SCAGLIA; M ESNAOLA AZCOITI; F VILLEGAS; C ARGUELLES; A BERENSTEIN; A IZQUIERDO; G SANSO; F BRUNELLO; B CASALI; S CASTRO; L BRENZONI; S ROSENBROCK; N SANGUINETI; D BRASLAVSKY; A FREIRE; R ENACAN; F CLEMENT; R GRINSPON; A KESELMAN; M GRYNGARTEN; A ARCARI; A VIEITES; A CHIESA; P PAPENDIECK; R ARMANDO; M FERNÁNDEZ; M SZLAGO; MG BALLERINI; M MARTÍ; C ARBERAS; I BERGADÁ; R REY; MG ROPELATO

Congreso; XXIX Reunión anual de la SLEP; 2020

NGS implementation in a paediatric public hospital for the diagnosis of genetic endocrine disorders: preliminary results using clinical exomePaula Scaglia Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.María Esnaola Azcoiti Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Florencia Villegas Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.Celeste Arguelles Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.Ariel Berenstein Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas (IMIPP), CONICET-GCBA, Laboratorio de Biología Molecular, División Patología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.Agustín Izquierdo Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Gabriela Sanso Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Franco Brunello Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), CONICET, Universidad de Buenos Aires. Buenos Aires, Argentina.Bárbara Casali Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Sebastián Castro Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Luciana Brenzoni Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Solange Rosenbrock Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Nora Sanguineti Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Débora Braslavsky Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Analía Freire Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Rosa Enacan Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Florencia Clement Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Romina Grinspon Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Ana Keselman Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Mirta Gryngarten Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Andrea Arcari Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Ana Vieites Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Ana Chiesa Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Patricia Papendieck Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Romina Armando Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.María del Carmen Fernández Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.Marina Szlago Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.María Gabriela Ballerini Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Marcelo Martí Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), CONICET, Universidad de Buenos Aires. Buenos Aires, Argentina.Claudia Arberas Sección Genética Médica, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina.Ignacio Bergadá Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Rodolfo Rey Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.María Gabriela Ropelato Centro de Investigaciones Endocrinológicas “Dr. César Bergadᔠ(CEDIE) CONICET – FEI – División de Endocrinología, Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez. Buenos Aires, Argentina.Introduction: Access to genetic diagnoses in our institution was restricted to a reduced group of endocrine disorders studied in the context of research projects. The advent of Next Generation Sequencing (NGS) has allowed the development of effective high-performance diagnosis algorithms for genetic pediatric diseases. Aim: To implement the use of NGS sequencing technology to meet the genetic testing needs for monogenic paediatric endocrine diseases and to evaluate diagnostic efficiency in a tertiary public Hospital. Patients and methods: patients with suspicion of rare genetic endocrine or metabolic diseases were included. DNA from peripheral blood was obtained from the patients and their parents. This study was approved by institutional review board. Genetic diagnosis and counselling process involved the following steps: 1-Pregenetic: clinical evaluation by paediatric endocrinologists and geneticists, selection of genetic testing strategy, informed consent. 2-Genetic testing: performed by NGS (Clinical exome, TruSight One, NextSeq 500, Illumina), analysed by own designed bioinformatic pipelines, variant prioritization (B-platform, Bitgenia) and classification (ACMG criteria), Sanger sequencing confirmation and family segregation. 3-Post genetic testing: Report, counselling and individualized follow up of the patient and family. Results: From March 2018 to July 2020, 83 probands were included (14 abnormalities of growth, 37 gonadal axis disorders, 13 thyroid disorders, 5 neuroendocrine hereditary cancer, 6 phenylketonuria, 3 galactosemia and 5 other endocrine abnormalities). Twenty-four were positive tests, with relevant variants in a generelated to phenotype with appropriate familial segregation study (20 pathogenic, 9 likely pathogenic, 1 VUS). 12 cases are still under investigation, requiring further evidence (only one variant in a recessive gene, segregation pending, VUS). In 47 cases no variants associated to phenotype were found. Global diagnostic efficiency is 28,9% (24/83). Conclusion: Interdisciplinary teamwork has enabled the successful implementation of new genomic diagnosis technologies in Buenos Aires public health system, achieving 28,9% diagnostic efficiency that is consistent with bibliography. NGS platform is flexible enough to fulfil the needs of a specialized paediatric centre.