Estudio de la diversidad estructural y funcional de consorcios bacterianos degradadores de hidrocarburos obtenidos a partir de sedimentos de agua dulce con historia de contaminanción

AGNELLO, A. C.; FERNÁNDEZ, N.; MORELLI, I.; DEL PANNO, M.T.; MADUEÑO, L.

Mar del Plata

Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental (CAMAYA); 2018

La obtención de consorcios bacterianos a partir de muestras ambientales contaminadas, su estudio por métodos de secuenciación y su análisis con nuevas herramientas bioinformáticas, constituyen un buen modelo de estudio para conocer los microorganismos y las vías metabólicas implicados en la degradación de contaminantes. Con este objetivo se caracterizó la diversidad estructural y funcional de consorcios bacterianos degradadores de hidrocarburos provenientes de sedimentos de agua dulce contaminados.Se tomaron muestras de sedimentos a 20 y 40 cm de profundidad (P20 y P40) a partir de las cuales se obtuvieron, por repiques sucesivos, tres consorcios microbianos en presencia de octadecano (O) o fenantreno (F) como única fuente de carbono. Se extrajo el ADN de los consorcios (P20F, P40F, P40O), se amplificó la región V4 del gen ARNr 16S y se secuenció en la plataforma Illumina Miseq. Los datos de secuenciación se utilizaron para realizar la asignación taxonómica (Pipeline Microbiome Helper 16S Workflow) y funcional prediciendo in silico el contenido metagenómico funcional del gen marcador ARNr 16S (software PICRUSt).Si bien los índices estimadores de diversidad fueron semejantes en los tres consorcios (Chao1: ~92.0, Shannon: ~2.27, Simpson: ~0.81), no se observó similitud en su composición taxonómica y filogenética en el análisis de coordenadas principales. La asignación taxonómica reveló características particulares en cada muestra, siendo las familias más predominantes: Sphingomonadaceae (44.9%) y Pseudomonadaceae (40.8%) en P20F, Pseudomonadaceae (37.5%) y Xanthomonadaceae (26.9%) en P40F y Gordoniaceae (41.3%) y Burkholderiaceae (15.2%) en P40O. Según la predicción funcional los tres consorcios presentaron el potencial génico para la degradación de hidrocarburos aromáticos y alifáticos, independientemente del hidrocarburo usado para su obtención. Habiendo sido identificados once genes implicados en la degradación de hidrocarburos alifáticos y ocho implicados en la degradación de aromáticos, no siempre se halló una correspondencia entre el número de secuencias y el tipo de hidrocarburo usado para obtener el consorcio. Finalmente, la contribución de taxones para algunos de esos genes puso de manifiesto el fenómeno de redundancia funcional.Se espera que el conocimiento de la diversidad estructural y funcional de los consorcios permita inferir el comportamiento de comunidades microbianas autóctonas para favorecer el desarrollo de estrategias de biorremediación.