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El género Empruthotrema comprende 9 especies que parasitan tiburones y batoideos. Ha sido registrado principalmente en aguas del Atlántico y Pacífico Norte. En el Atlántico Sur, el único registro fue realizado en 1975 para Myliobatis aquila (Linnaeus). La taxonomía del género ha sido poco estudiada desde una perspectiva molecular, sólo se cuenta con secuencias de la subunidad mayor ribosomal (28S ADNr) para dos de las especies. En el presente trabajo se examinaron los sacos olfatorios de 518 batoideos de las familias Arhynchobatidae (503 ejemplares) y Miliobatidae (15 ejemplares) provenientes de campañas de investigación y de la flota comercial con puerto en Mar del Plata, en busca de monogeneos. Se recolectaron 562 monogeneos morfológicamente consistentes con Empruthotrema. Los especímenes se estudiaron mediante microscopía óptica y electrónica de barrido, además se amplificaron y secuenciaron parcialmente los genes 28S ADNr y el citocromo c oxidasa subunidad I mitocondrial (cox1 ADNmt). Se realizaron análisis filogenéticos utilizando máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. A partir de los resultados obtenidos se confirmó la presencia de 3 nuevas especies, cuyas descripciones se realizan en el presente trabajo. Las principales diferencias morfológicas fueron el largo y la forma del órgano copulador masculino y la presencia de manchas oculares. Las distancias genéticas interespecíficas (TN+I+G) variaron entre 2,1%?3,6% (28S ADNr) y 18,4%?23,5% (cox1 ADNmt). Los análisis filogenéticos mostraron que el 28S ADNr resultó más adecuado para establecer las relaciones entre especies. Se discuten la especificidad de las especies parásitas halladas así como la utilidad de los marcadores moleculares empleados. Con estas descripciones, se amplía a 12 las especies conocidas del género Empruthotrema, aportando por primera vez secuencias del cox1 ADNmt, que permitirán profundizar los estudios filogenéticos dentro del grupo.

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