Caracterización molecular de células madre leucémicas en leucemia mieloide crónica por secuenciación de ARNs pequeños

RUIZ MS; BONECKER S; SÁNCHEZ MB; FURTADO C; KOILE D; YANKILEVICH P; ZALCBERG I; MORDOH J; BIANCHINI M

Buenos Aires

Workshop; Biología celular y molecular del ARN; 2018

Club del RNA de Buenos Aires

La recaída luego de la discontinuación del tratamiento en pacientes con leucemia mieloide crónica (LMC) ha sido atribuida a la persistencia de células madre leucémicas (LSCs). Con el objetivo de caracterizarlas, estudiamos la fracción de ARNs pequeños por secuenciación (NGS). Para ello aislamos por FACS fracciones enriquecidas en LSC o sus contrapartes normales (HSC) a partir de médula ósea o sangre periférica de pacientes con LMC al diagnóstico, o de sangre periférica de dadores sanos. Optimizamos el protocolo para la obtención de fracciones de alta pureza. Dado el bajo rendimiento, realizamos pooles de muestras (a partir de 7 pacientes y 5 dadores sanos). Se extrajo ARN total preservando la fracción de ARNs pequeños, el cual fue utilizado para la construcción de bibliotecas para secuenciación en HiSeq 2500 (Illumina). Se utilizaron las herramientas bioinformáticas Chimira, GFOLD, miRPath y miRDeep para la identificación, contabilización, cálculo de expresión diferencial, predicción in silico de blancos, vías de señalización y microRNAs novel. Se encontraron diferencialmente expresados (GFOLD≥1) 123 microRNAs entre LSCs vs HSCs de pacientes. La comparación sucesiva con donantes sanos resultó en 19 microRNAs que agrupan en vías potencialmente relevantes como interacción receptor-matriz extracelular y regulación de la pluripotencia de células madre. También analizamos los microRNAs novel, las modificaciones post-transcripcionales y la presencia de otros ARNs pequeños.