Identificación de mutaciones y genes de fusión en pacientes argentinos con leucemia linfoblástica aguda pediátrica

RUIZ MARÍA SOL; ABBATE MARÍA MERCEDES; RICCHIERI MARÍA CECILIA; VAZQUEZ ELBA; COTIGNOLA JAVIER

Mar del Plata

Congreso; XXV Congreso Argentino de Hematologia; 2021

Sociedad Argentina de Hematología

Introducción: Los pacientes pediátricos diagnosticadoscon leucemia linfoblástica aguda (LLA) son estratificados en grupos de riesgobasados en criterios bioquímicos, citogenéticos, moleculares y de respuesta altratamiento. Aunque se han logrado grandes avances en la sobrevida global delos pacientes, en todos los grupos de riesgo se presentan pacientes que recaeny/o fallecen. La identificación de nuevos biomarcadores, como son las variantesde nucleótido único (SNVs) e inserciones/deleciones pequeñas (InDels) derelevancia biológica y clínica podría contribuir a mejorar la estratificacióninicial de los pacientes.Objetivos: Identificar variantes genómicas através de secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) en muestras de médula óseaal diagnóstico de pacientes pediátricos argentinos con LLA, y evaluar larelación entre éstas y parámetros de relevancia clínica al diagnóstico ydurante el tratamiento. Materialesy métodos: Se secuenció el transcriptoma de 37 muestras de médula ósea aldiagnóstico por RNA-seq (HiSeq 2500, Illumina, paired-end). Se realizó una búsqueda devariantes por métodos bioinformáticos en un listado de genes candidatos. Seseleccionaron 114 genes para la búsqueda de SNVs/InDels y 79 genes de fusión,previamente reportados en bibliografía. Las variantes detectadas fueron sometidas a diversosfiltros según: 1) número de lecturas y frecuencia alélica; 2) frecuencia enbases de datos de población sana (1000 genomes); 3) categorización en bases dedatos de variantes clínicas germinales (ClinVar); 4) asociación previa a algúnfenotipo; y 5) predicción de patogenicidad (Variant Effect Predictor, Ensembl).La confirmación de las variantes fue realizada por secuenciación de Sanger apartir de productos de RT-PCR.Resultados: Inicialmente sedetectaron 9594 SNVs/InDels/genes de fusión en 37 pacientes. Luego del procesode filtrado y anotación de variantes, se obtuvieron 71 SNVs/InDels en 31pacientes y 3 genes de fusión en 5 pacientes. Aplicamos un segundo filtro paraidentificar las variantes más probablemente asociadas a la progresión de laenfermedad, basado en la clasificación en oncogénicas y probablementeoncogénicas (OncoKB), o descriptas en LLA en COSMIC. Identificamos 17SNVs/InDels distribuidas en 13 genes en 12 pacientes (35% de las muestras). Deestos 12 pacientes, el 50% presentó más de una variante al diagnóstico. Algunas de las variantes se encontraron enhomo/hemicigosis, sugiriendo pérdida de heterocigocidad en los respectivosloci. Los pacientes con alguna de las 17 SNVs/Indels seleccionadas presentaronun mayor cociente de riesgo para la recaída que aquellos sin alguna de estasvariantes (risk ratio = 1,71; IC = 1,06 ? 2,76). La sobrevida libre de recaídafue menor para el grupo de pacientes con las variantes seleccionadas (Log-rankp-val = 0,006). Dado que se trata de un estudio prospectivo, es necesarioaumentar el tiempo de seguimiento de los pacientes para confirmar estatendencia. Se detectó el gen de fusión P2RY8-CRLF2 por RNA-seq en 1caso, el cual fue confirmado por RT-PCR seguido de secuenciación de Sanger. Seevaluaron 20 muestras adicionales de médula ósea al diagnóstico por RT-PCR parala detección de P2RY8-CRLF2, y se detectó el transcripto de fusión en 3casos.  Conclusiones: Laidentificación de mutaciones de tipo SNVs/InDels al diagnóstico podríacontribuir a la detección de temprana de pacientes con mayor riesgo de recaída;la confirmación de estas observaciones requiere de un mayor tiempo deseguimiento. Dada la heterogeneidad genética de la LLA al diagnóstico, tambiénse requiere de un mayor número de pacientes. El análisis bioinformáticoaplicado resultó preciso para la detección de variantes de tipo SNVs/InDels y genesde fusión en datos de RNA-seq, ampliando la utilidad de este tipo de estudiosmás allá de los análisis clásicos de expresión génica diferencial.