Análise in silico dos perfis de expressão gênica de Trichophyton rubrum sob diferentes condições de cultivo

SANCHES PR; PERES NT; FALCÃO JP; PAIÃO FG; SILVEIRA HC; MARANHÃO FC; GRAS DE; SEGATO F; CAZZANIGA RA; MAZUCATO M; CURSINO-SANTOS JR; AQUINO-FERREIRA R; ROSSI A; MARTINEZ-ROSSI NM

Salvador - Bahia

Congreso; 54º Congresso Brasileiro de Genética; 2008

Sociedade Brasileira de Genética

Micoses cutâneas são infecções comuns tanto em indivíduos saudáveis como em imunocomprometidos, sendo o fungo antropofílico Trichophyton rubrum o mais prevalente microorganismo isolado a partir de casos clínicos em todo o mundo. Apesar de sua importância como organismo patogênico, pouco se conhece sobre o perfil de expressão gênica do dermatófito. Nosso laboratório vem gerando uma coleção de transcritos gênicos através da construção de diferentes bibliotecas (uma biblioteca de cDNA e nove bibliotecas subtrativas supressivas) que fornecem importantes informações da resposta de T. rubrum aos diferentes desafios ambientais. Com o objetivo de analisar os perfis de transcrição gênica deste fungo nas diferentes condições anteriormente testadas, um aplicativo baseado em web foi desenvolvido de modo a permitir o processamento in silico e a disponibilização dos dados gerados. Um total de 2735 seqüências de alta qualidade, com um tamanho médio de 339 nucleotídeos, foi obtido após o processamento inicial com os programas Phred e Cross-Match. Estas seqüências foram então agrupadas, através do programa CAP3, formando 296 contigs e 1092 singlets, o que correspondem a 1388 seqüências únicas e redundância de 49,3%. Uma análise comparativa foi realizada entre as seqüências de T. rubrum e as dos bancos de dados públicos, GenBank, dbEST e KOG, através dos algoritmos BlastN e BlastX, para obter informações sobre a funcionalidade destas seqüências. Do total de seqüências analisadas, 254 não apresentaram similaridade com seqüências existentes nos bancos de dados públicos, podendo representar genes novos ou até mesmo genes exclusivos de dermatófitos. Da comparação com as proteínas depositadas no GenBank, 680 seqüências foram anotadas com sucesso, sendo que 40,9% apresentaram similaridade com genes de função predita e 8,1% com proteínas hipotéticas conservadas. Um agrupamento entre as diferentes bibliotecas foi realizado identificando que nenhum dos contigs formados continha seqüências de todas as bibliotecas analisadas. Um dos contigs foi formado por seqüências de 5 e outro de 6 bibliotecas. No entanto, a grande maioria dos contigs foi gerada a partir de uma a quatro bibliotecas, o que sugere que os genes revelados são mais comumente responsivos a um tratamento específico do que às condições gerais de estresse. Sendo assim, este trabalho apresenta um importante mecanismo de consulta para pesquisadores envolvidos na análise de expressão gênica de diferentes fungos, além de revelar a grande complexidade biológica de T. rubrum pela sua capacidade de modelar perfis de expressão diferentes sob condições ambientais distintas.