Secuenciación de un genoma completo de una cepa de Mycobacterium kansasii aislada de un pulmón bovino comprado en una carnicería de Buenos Aires, Argentina

MARFIL, MARÍA JIMENA; GARVACHIO S; SOLEDAD BARANDIARAN; EIRIN MARIA ELMILIA; MARTIN JOSE ZUMARRAGA; GIOFFRÉ

Congreso; XVI CONGRESO INTERNACIONAL DE INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA del MESCyT; 2022

Secuenciación de un genoma completo de una cepa de Mycobacterium kansasii aislada de un pulmón bovino comprado en una carnicería de Buenos Aires, Argentina.*MJ Marfil, *P Farace, SG Garbaccio, S Barandiaran, ME Eirin, MJ Zumárraga, AK Gioffré*Ambos autores contribuyeron por igual en este trabajo.Mycobacterium kansasii es una micobacteria no tuberculosa de crecimiento lento que se comporta como uno de los patógenos oportunistas más frecuentes y virulentos en humanos, que también se encuentra en la tierra y el agua. En este trabajo se secuenció el genoma completo de un aislamiento de M. kansasii obtenido a partir de un pulmón bovino comprado en una carnicería de la ciudad de Buenos Aires. El genoma secuenciado se obtuvo utilizando la tecnología de MiSeq (Illumina). Se obtuvieron 2.281.114 lecturas pair-end iniciales, y 761.835 lecturas pair-end y 1.492.657 singletons después del control de calidad utilizando la herramienta FASTQC y Trimommatic 0.36 (2014), llegando a la sumatoria de 432 Mpb. Se ensamblaron los reads y los contigs resultantes se ordenaron en base al genoma de M. kansasii ATCC 12478, disponible en la base de datos del NCBI, con la herramienta Mauve (Multiple genome aligment, Darling Lab). Se obtuvo un genoma de 6.402.914 pb luego del ensamblado, representado en 262 contigs (el más largo fue de 373.015 pb), con un N50 de 110.421 pb, una cobertura de 100X, y un contenido de GC de 66,2%. Se realizó la anotación del genoma con el programa RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology, Version 2.0) usando el esquema de anotación de ClassicRAST y con PROKKA (rapid prokaryotic genome annotation). Se identificaron un total de 5.924 secuencias codificantes y un total de 49 genes codificantes para ARN.Este trabajo constituye el primer reporte de un genoma completo secuenciado de M. kansasii aislado de un bovino.