Mapeo físico de nuevos marcadores moleculares desarrollados sobre ensamblados NGS del cromosoma 4D de trigo

MUNOZ MEJIA IVAN; VANZETTI LEONARDO S.; ROMERO JOSE; AURELIA PAOLA ROMINA; VALARIK MIROSLAV; SIMKOVA HANA; DOLEZEL JAROSLAV; TRANQUILLI GABRIELA; PANIEGO NORMA; ECHENIQUE VIVIANA; HELGUERA MARCELO

Congreso; Congreso Argentino de Genetica; 2015

SAG

La separación de cromosomas individuales por citometría de flujo y posterior secuenciación mediante una plataforma 454 Roche fue aplicada a ambos brazos del cromosoma 4D de trigo, obteniéndose datos de una cobertura cromosómica de 3.6x. Las secuencias se ensamblaron generando scaffolds los cuales se utilizaron para desarrollar marcadores ISBP (polimorfismos basados en sitio de inserción) y SSR (microsatélites), que tienen un potencial de aplicación en caracterización de germoplasma, saturación genética y selección asistida por marcadores. Con herramientas bioinformáticas se diseñaron 102.480 marcadores (1.774 SSR y 100.706 ISBP), de los cuales una pequeña muestra de 99 fueron validados y mapeados físicamente utilizando líneas de deleción. De los 99 marcadores, 53 se localizaron en el brazo corto 4DS y 46 sobre el brazo 4DL, de estos, 50 son ISBPs y 49 SSR. Tras la evaluación de los marcadores en líneas nuli y ditelosómicas se determinó que 73% (74) de marcadores desarrollados para ambos brazos fueron brazo-específicos. Mediante el empleo de los marcadores específicos en líneas de deleción se estableció la posición física de cada marcador en un segmento del brazo cromosómico correspondiente. En el brazo 4DS 13 marcadores fueron teloméricos, 8 distales, 10 centrales y 9 centroméricos. En el brazo 4DL 8 fueron teloméricos, 1 distal, 0 centrales, 11 proximales y 14 centroméricos. Finalmente se realizo un estudio comparativo entre mapeo físico de deleción con mapa físico/genético de alta densidad desarrollado por el Consorcio Internacional de Secuenciación del genoma de Trigo.