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En base a la información proporcionada por 15 microsatélites autosómicos, se investigaron las relaciones genéticas entre 17 poblaciones amerindias sudamericanas. Se construyeron matrices de distancias genéticas, geográficas y lingüísticas para verificar, a través de análisis de distancias y correlación de matrices, la eficiencia de esos marcadores genéticos para reconstruir los procesos de poblamiento y posterior evolución local de los pueblos originarios.Los mapas genéticos, obtenidos por escalamiento multidimensional, no reflejan las relaciones esperadas a partir de evidencias etnohistóricas, lingüísticas o geográficas, sino un patrón en el cual las poblaciones aisladas y con bajo tamaño efectivo (Ne) aparecen en posición marginal, mientras las poblaciones con alto Ne y sostenido flujo génico ocupan el centro del gráfico. En concordancia con este hallazgo, el análisis de correlación de matrices muestra una correlación nula entre las distancias genéticas y las lingüísticas o geográficas. En cambio, existe una alta asociación negativa entre heterocigosis media y distancia genética promedio por población, lo cual demuestra que la variación interpoblacional puede ser explicada en función de la diversidad intrapoblacional. Estos resultados, en coincidencia con los obtenidos a partir de secuencias del ADN mitocondrial, sugieren que las distancias genéticas no reflejan, en general, relaciones filogenéticas o geográficas sino patrones demográficos, por lo que no constituyen una herramienta apropiada en la reconstrucción del poblamiento del continente, reflejando apenas procesos microevolutivos recientes. Esta afirmación es válida en el caso de poblaciones nativas sudamericanas, debido a la gran variación en Ne y las marcadas diferencias en las historias evolutivas.

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