ORIGEN Y EVOLUCIÓN DE SARS-COV-2

MOJSIEJCZUK, LAURA

Jornada; III Jornadas Misioneras de Virología : Enfermedades Virales Emergentes; 2020

Desde la descripción de los primeros casos de neumonía en China en diciembre de 2019, la identificación del SARS-CoV-2 como agente etiológico y la obtención de la secuencia del genoma completo en enero de 2020, han surgido un gran número de preguntas acerca de la emergencia de este nuevo coronavirus en humanos. En consonancia, también han surgido un enorme volumen de datos genómicos y de literatura científica sobre este nuevo patógeno. Los Coronavirus son una familia diversa e infectan a un amplio rango de mamíferos y aves en la naturaleza. El análisis filogenético del genoma completo muestra que el SARS-CoV-2 agrupa con SARS-CoV, el virus que causó brotes en humanos en 2002-2003, y con coronavirus aislados de animales. Por ello se lo ha incluido como parte de una especie viral que había sido definida con anterioridad, denominada coronavirus relacionados al SARS (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), subgénero Sarbecovirus, género Betacoronavirus. El SARS-CoV-2 se ubica en un linaje distinto al de otros coronavirus descriptos previamente en humanos. Los virus más cercanos son RaTG13 y RmYN02, fueron aislados de dos especies de murciélagos de herradura en la provincia de Yunnan (China) y comparten una similitud de secuencia del 96,2% y 93,3% con el SARS-CoV-2, respectivamente. Sin embargo, con un tamaño de genoma de aproximadamente 30.000 bases, la distancia genética entre el virus genéticamente más cercano, RaTG13, corresponde a una diferencia de casi 1200 nucleótidos y probablemente representa más de 30-40 años de evolución separada de estos linajes. Los murciélagos son reservorios naturales y probablemente alberguen muchos otros coronavirus aún no descriptos. Sin embargo, aunque es posible la propagación directa de virus desde los murciélagos a los humanos, las zoonosis a menudo involucran un hospedador animal intermediario. Recientemente se descubrió en pangolines (un género de mamíferos que habita en Asia) un virus con un 92,4% por ciento de similitud con el SARS-CoV-2 en el genoma completo y con un 97,4 % de similitud en el dominio de unión al receptor (RBD). Es decir, SARS-CoV-2 es evolutivamente más cercano a coronavirus de murciélagos de herradura o a coronavirus de pangolines según la región genética bajo análisis. Este patrón sugiere que la historia evolutiva del SARS-CoV-2 pudo haber involucrado eventos de recombinación, un mecanismo sumamente frecuente en la familia Coronoviridae. La evidencia actual indica que los murciélagos serían reservorio de los ancestros del SARS-CoV-2, pero no el progenitor directo involucrado en el salto de especie. Sin embargo, hasta la fecha no se ha identificado el reservorio específico y no hay evidencia que demuestre la posible ruta de transmisión desde murciélagos a los humanos, ya sea de forma directa o a través de una o varias especies animales intermedias. La obtención de secuencias de virus relacionados, provenientes de animales hospedadores potenciales y cercanos geográficamente al área donde se inició el brote, podrían brindar evidencias para determinar el origen de SARS-CoV-2.La información presente en las secuencias de genomas virales puede ser utilizada para reconstruir la dispersión del virus en la población humana. Las secuencias de SARS-CoV-2, obtenidas de individuos infectados a lo largo del mundo, muestran que el virus se ha mantenido notablemente estable desde los primeros casos detectados en Wuhan, China. Es decir, presenta una baja tasa de evolución (acumulación de cambios o substituciones en el tiempo) en estos primeros meses desde su emergencia en humanos. Se han propuesto al menos tres sistemas de clasificación para SARS-CoV-2: según la presencia de cambios específicos o agrupamientos filogenéticos. Entre estos últimos, el propuesto por el grupo del Dr. Rambaut de la Universidad de Edimburgo (Reino Unido) consiste en una clasificación dinámica que se actualiza con la aparición de nuevos datos de secuencias, que a su vez reflejan la evolución del virus en la población. Se han propuesto dos linajes principales A y B, y varios linajes internos (A.1-A.9 y B.1-B.27, C.1-C3, D.1-D.2) según la última actualización de la clasificación (Lineages version 2020-10-30). La asignación de linajes es con fines taxonómicos y hasta el momento no se ha demostrado que existan comportamientos biológicos diferenciales (cambios en la transmisión o patogenia) entre los linajes. En Argentina, se ha reportado la circulación principalmente del linaje B.1, el más extendido en el mundo, y sus sublinajes. Todos estos grupos han sido reportados en otros países. Se observan múltiples introducciones, en los primeros meses de la epidemia en el país, y el posterior establecimiento de clusters locales, reflejando la etapa de transmisión comunitaria.