Nor-Harmano como matriz óptima para el análisis de oligonucleótidos sintéticos por espectrometría de masa UV-MALDI-TOF

LANDONI, M.; MARIA DELLAFIORE; ROSA ERRA-BALSELLS; JAVIER MONTSERRAT; ADOLFO IRIBARREN

Mar del Plata

Simposio; XIX Simposio Nacional de Química Orgánica; 2013

La espectrometría de masa (EM) UV-MALDI-TOF se ha posicionado en los últimosaños, como una herramienta esencial para el análisis de biomoléculas, entre ellas los ácidos nucleicos. Sin embargo, a pesar de los avances que existen en torno a esta metodología, todavía existen dos problemas fundamentales, la fragmentación de losoligonucleótidos de mayor peso molecular y la formación de aductos con cationes de metales alcalinos, que llevan a la disminución de la resolución y sensibilidad. Se sabe que la matriz es fundamental en todo el proceso de la EM UV-MALDI-TOF y por eso, en los últimos años, se han incrementado los esfuerzos en la búsqueda de nuevos compuestos que actúen como matrices eficientemente. Actualmente existen pocas matrices que se utilizan con éxito para el análisis de ácidos nucleicos: ácido 3hidroxipicolínico(3-HPA) y 2,4,6-trihidroxiacetofenona (THAP). Más recientemente sehan descripto otras como la 3,4-diaminobenzofenona (DABF) que esta reportada como particularmente eficiente en la disminución de aductos con metales alcalinos que permite obtener señales de gran calidad para los iones moleculares. En este trabajo se analizó el uso de diferentes matrices y condiciones de preparación de la muestra, con el objeto de optimizar un método sencillo para lasecuenciación de oligonucleótidos. Las mejores señales se obtuvieron utilizandonorHarmano (9H-Pirido-[3,4b]indol ó β-Carbolina). El empleo de esta matriz permitió el análisis y la determinación de la secuencia de diferentes oligonucleótidos en un solo experimento con un mínimo de preparación de muestra, una alta sensibilidad y poco tiempo de análisis, mostrando que es una matriz de suma utilidad para este tipo de análisis. En las condiciones ensayadas fue posible obtener señales en modo negativo tanto para el ión molecular como de las series de fragmentaciones que permiten la correcta secuenciación de las cadenas. También es interesante destacar que esta matriz permite obtener señales de los oligonucleótidos DMT-on ya que no se emplean condiciones ácidas fuertes evitando la hidrólisis del grupo protector. Por otra parte, en las condiciones de análisis encontradas en este trabajo se minimizan las señales de losaductos con los metales alcalinos haciendo innecesario el agregado de sales como comatrices haciendo más sencilla la preparación de la muestra.