selección de un esquema optimizado de tipificación por secuenciación multilocus (MLsT) para Trypanosoma cruzi

NICOLÁS TOMASINI; JUAN JOSÉ LAUTHIER; MATTHEW YEO; MIGUEL A. BASOMBRÍO; PATRICIO DIOSQUE

Buenos Aires

Congreso; XXV Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Protozoología y Enfermedades Parasitarias; 2012

Sociedad Argentina de Protozoologia

La Tipificación por Secuenciación Multilocus (MLST) ha sido recientemente empleada en la caracterización de cepas y aislados de Trypanosoma cruzi. Hasta la fecha, dos esquemas basados en diferentes fragmentos de genes (loci) han sido propuestos. Sin embargo, dichos esquemas fueron analizados en diferentes paneles de cepas por lo que no pueden ser  directamente comparados. El objetivo del siguiente trabajo fue determinar un esquema simplificado de tipificación a partir de los previamente propuestos. Para ello, se analizaron mediante la amplificación y secuenciación de fragmentos de ambos esquemas, 25 cepas de referencia de Trypanosoma cruzi, las cuales representan los seis DTUs descriptos para este parásito. El principal criterio fijado fue obtener un número mínimo de loci que permita realizar la asignación de DTU con un alto soporte estadístico y el máximo poder de resolución posible. Utilizando el software MLSTest 1.0 se analizaron secuencias de 17 loci para las cuales se evaluaron todas las combinaciones posibles entre ellos, para tamaños de set de 2 a 16 loci (más de 10000 combinaciones analizadas). Una combinación de cuatro fragmentos fue suficiente para realizar la asignación de DTU a cualquier cepa, con un alto valor de bootstrap (>95%). Dos fragmentos de genes de cada esquema resultaron seleccionados, estos fueron: glutathione-dependent peroxidase II (TcGPXII), mitochondrial peroxidase (TcMPX), Small GTP-binding protein Rab7 (GTP), 3-Hidroxi-3-metilglutaril-CoA reductase (HMCOAR). Este esquema simplificado permite una clara diferenciación entre los DTU híbridos TcV y TcVI. Además, solo 3 de cualquiera de los 4 fragmentos son suficientes para realizar dicha asignación. Adicionalmente, se propone la incorporación de otro fragmento (RNA-binding protein-19 - RB19) al esquema, cuando sea requerido obtener un mayor poder de resolución para TcV y TcVI.