MLSTest 1.0: Un nuevo software para el análisis de datos de Tipificación por Secuenciación Multilocus (MLST)

NICOLÁS TOMASINI; JUAN JOSÉ LAUTHIER; MARÍA M. MONJE RUMI; PAULA G. RAGONE; ANAHÍ M. ALBERTI DAMATO; MIGUEL A. BASOMBRÍO; PATRICIO DIOSQUE

Ascochinga

Congreso; XXIV Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Protozoología; 2010

Sociedad Argentina de Protozoologia

La tipificación por secuenciación multilcous (MLST: MultiLocus Sequence Typing) es una herramienta que ha sido aplicada a una variedad de bacterias y levaduras. Este método está basado en la secuenciación de alrededor de 7 fragmentos de genes metabólicos para cada cepa o stock. El MLST es una herramienta con alto poder de resolución para la tipificación de organismos y reduce la interpretación subjetiva de los datos. Aunque originariamente desarrollada para organismos haploides, ha sido aplicada en algunos organismos diploides. En estos casos, la presencia de heterocigotas ha resultado en un problema en el análisis de datos y en la asignación de cada organismo a una determinada UDT (unidad discreta de tipificación). Esto es debido a la falta de un software adecuado para el manejo de este tipo de datos. Debido a esto, hemos desarrollado un nuevo software ejecutable en la plataforma de Windows, al cual denominamos MLSTest. Para construir el mismo, se utilizó el lenguaje de Visual Basic 2008. MLSTest permite entre otras cosas: Cargar múltiples sets de datos simultáneamente, trabajar con sets de datos incompletos, concatenar secuencias, construir perfiles alélicos, calcular medidas de eficiencia de tipificación. Por otro lado, MLSTest es capaz de construir arboles de distancia considerando a las heterocigosis como estados promedio, inferir haplotipos utilizando un nuevo método basado en distancias, selección de un mínimo set de loci eficiente para tipificación, asignación de UDT. Permite además, visualizar alineamientos, sitios polimórficos, sustituciones sinónimas y no sinónimas. Además el software es capaz construir redes consenso que pueden ser visualizadas en otros programas como splitstree. El programa requiere para su funcionamiento la plataforma Windows xp o superior y tener instalado Microsoft .net framework. (Financiado por: Institute de Recherche pour le Développement (IRD), Francia; Seventh Framework Programme, European Commission; FONCyT; CIUNSa.)