Nuevas estrategias para la tipificación molecular de Trypanosoma cruzi empleando secuenciación profunda de las regiones hipervariables de los minicírculos.

RUSMAN, FANNY; FLORIDIA-YAPUR, NOELIA; DÍAZ, ANAHÍ G.; TOMASINI, NICOLÁS; DIOSQUE P

Congreso; XI Congreso de la Sociedad Argentina de Protozoología; 2022

Trypanosoma cruzi el agente causal de la enfermedad de Chagas, se clasifica en seis unidades principales de tipificación discreta o DTUs: TcI-TcVI. El ADN del kinetoplasto (ADNk) de este parásito se compone de dos tipos de moléculas: maxicírculos y minicírculos. Cada parásito tiene alrededor de 105copias de la región hipervariable del minicírculo (mHVR) en su ADNk. Recientemente, hemos generado un esquema de secuenciación de nueva generación basado en la tecnología Illumina-MiSeq que nos permitió conocer en profundidad la diversidad genética de las mHVRs a nivel intra e inter-DTU. Debido a su elevado número de copias y a su gran diversidad, las mHVRs se convierten en marcadores promisorios para la tipificación. En el presente trabajo, optimizamos un esquema de tipificación basado en la secuenciación profunda de amplicones de mHVRs, para el que analizamos 64 cepas pertenecientes a los 6 DTUs. Aproximadamente 80 mil de secuencias fueron analizas para cada una de las cepas. Las secuencias fueron agrupadas formando clústers a diferentes umbrales de similitud (85 % y 95%), de cada uno de los clústers se extrajo la una secuencia presentativa para formar un set de secuencias útiles para la tipificación. Los resultados mostraron una gran diversidad de clústers de mHVRs, con numerosos clústers específicos de DTU. Asimismo, las cepas de un mismo DTU agrupan juntas de acuerdo con la composición y abundancia de los clústers de mHVRs. Además, observamos que los sets de secuencias representativas de cada clúster de mHVR se pueden emplear para la tipificación de cepas de las que se disponga de secuencias. Por último, proponemos que este enfoque de secuenciación profunda puede ser empleado para la tipificación de cepas de Trypanosoma cruzi, ya que más del 95% de las cepas evaluadas en este trabajo fueron tipificadas correctamente.