SECUENCIACIÓN MULTIPLEX DE SARS-COV-2 EN MUESTRAS CLÍNICAS: CARACTERIZACION GENOMICA DE LA PRIMERA OLA DE COVID-19 EN LA PROVINCIA DE SANTA FE

CERRI, AGUSTINA; BOLATTI, ELISA M.; CASAL, PABLO E.; GARCIA LABARI IGNACIO; EZPELETA JOAQUIN; VILLANOVA GABRIELA VANINA; POSNER VICTORIA; PALETTA A.; REMESLENICOV F; CAVATORTA ANA LAURA; ACOSTA J; CHOUHY, DIEGO; RE FLORENCIA; VIARENGO GASTÓN; SPETALE, FLAVIO E.; MURILLO, JAVIER; ANGELONE, LAURA; LAVISTA-LLANOS SOFIA; SPINELLI SILVANA; BULACIO, PILAR; ARRANZ SILVIA EDA; TAPIA ELISABETH; GIRI, ADRIANA A.

Jornada; I Jornada de ciencia y tecnología de la FCByF-UNR; 2021

Introducción La caracterización de la diversidad genética de virus emergentes es crucial para el desarrollo de soluciones diagnósticas y vacunas que puedan atender de forma efectiva a potenciales brotes. La obtención rápida de secuencias genómicas, permite la identificación de relaciones evolutivas de los virus, el monitoreo de la validez de ensayos diagnósticos yla investigación de potenciales cadenas de transmisión. El objetivo de este trabajo fue el desarrollo de una metodología de secuenciación genómica para identificar las variantes circulantes del SARS-CoV-2 con costos y tiempos compatibles con la emergencia COVID19, conocer su origen y evolución en la provincia de Santa Fe. Resultados y Conclusiones Se desarrolló y optimizó una estrategia de secuenciación multiplex con la tecnología de secuenciación de lectura larga de Oxford Nanopore Technologies en equipos MinIon, para secuenciar genomas completos de SARS-COV-2. La estrategia se aplicó para secuenciar12, 48 y 96 muestras en una única reacción, obteniéndose parámetros de calidad(cobertura, profundidad y crosstalk) adecuados. En paralelo, se seleccionaron muestras de extractos de ARN de pacientes con diagnóstico positivo por RT-qPCR para SARS-COV-2.Se obtuvieron 110 genomas completos de individuos residentes en 43 localidades del surde la provincia de Santa Fe, entre 23/3/2020 y 22/12/2020. Las secuencias obtenidas se clasificaron por taxonomía dinámica de linajes con el programa Pangolin COVID-19 Lineage Assigner (https://pangolin.cog-uk.io/) y fueron analizadas filogenéticamente por Máxima Verosimilitud con el programa IQ-TREE (https://doi.org/10.1093/molbev/msaa015), en forma conjunta con el Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2(PAIS). Los genomas obtenidos correspondieron a 6 linajes [B.1.499 (56,1%), N.5 (35,4%),N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%)], en coincidencia con lo observado en otras provincias argentinas durante el 2020. Dentro de estos linajes se identificaron clusters de secuencias con estrecha cercanía geográfica, evidenciando cadenas de transmisión viral dentro de la provincia de Santa Fe y/o con las provincias vecinas (Chaco, Córdoba y Buenos Aires). Además, se observó que el linaje B.1.499 (ex B.1.3.2) habría sido desplazado por el N.5 (alias B.1.1.33.5). Ambos linajes son de origen argentino, producto de la circulación comunitaria. No se observaron cambios aminoacídicos relevantes que pudieran afectar el diagnóstico y la efectividad de las vacunas. Es necesario caracterizar la segunda ola para conocer el impacto de las nuevas variantes en el patrón epidemiológico de la provincia.