DETERMINACION DEL SITIO DE INFECCION:ANALISIS COMBINATORIO VERSUS METODOS FILOGENETICOS

RABINOVICH, ROBERTO; CEBALLOS, ANA; GUTSON, DANIEL; MAIDANA, SILVINA; BELLOMO , CARLA; PADULA, PAULA

Bs. As.

Jornada; XXVI Reunión Científica de la SAV-2006; 2006

Sociedad Argentina de Virología-Asociación Argentina de Microbiología

La determinación del sitio de infección en enfermedades endémicas de baja incidencia es útil para dirigir los estudios epidemiológicos o intervenciones sanitarias. La construcción de arboles filogenéticos basado en secuencias nucleotídicas ha sido utilizado para discriminar entre distintas locaciones como origen de la infección.El hecho de que en uno de esos árboles la secuencia problema se agrupe en un “cluster” (o grupo) con las secuencias de una locación determinada es considerado como una evidencia a favor del origen de la infección.Sin embargo cuando las secuencias tienen alto porcentaje de similitud los resultados pueden ser indeterminados.En este trabajo se propuso comparar los métodos basados filogenia con el análisis combinatorio desarrollado aquí. Para ello se determino el sitio de origen de 10 secuencias conocidas correspondientes a tres localidades, considerando sucesivamente a cada secuencia como problema y a las otras 9 como de locacion establecida.Se considero un fragmento de 226 pb del gen que codifica para el precursor de las glicoproteinas (nts 2716 a 2940 del segmento M del virus Andes (AF324901)Para la obtención de alineamientos y comparacion de los nucleotidos se utilizo CLUSTAL X. El analisis de maxima parsimonia (MP) y Neighbor-joining (NJ) fue realizado con los programas TNT y MEGA. La sustentabilidad de los nodos fue evaluada por remuestreo utilizando 1000 replicasSe conto con una base de datos de casos de infeccion por hantavirus en nuestro pais Para desarrollar el estimador de la probabilidad de que una secuencia determinada de hantavirus se encuentre en una localidad determinada.se determino el número de sitios informativos (20) y el número de transiciones y transversiones con respecto al total de diferencias nucleotidicas: 7/8 y 1/8 respectivamente.Estudiando las localidades en las que se describió más de una secuencia se determino F(n) definida como frecuencia relativa con que se encuentra una diferencia de n nucleotidos entre secuencias reportadas en la misma localidad.Suponiendo que hubiera sido descripta una única secuencia en una localidad A , el estimador de encontrar otra secuencia X en esa localidad A es definido como:P(X/A) = Px,A=(F(n)/ Permutacion (20,n)).(7/8)^ ts. (1/8)^ tv el simbolo ^ significa "elevado a la"n es el numero de nucleotidos de diferencia entre ambas secuencias, ts es el número de transiciones y tv el de transversiones.Si han sido descriptas m secuencias en esa localidad se repite el procedimiento para la secuencia problema con cada una de ellas y se calcula el promedio. El estimador de que una secuencia X se encuentre en la localidad a será entonces: P(X/A) = Sumatoria ( Px,Ai ) / m es decir Px,A1+ Px,A2 + .... Px,Am /m Este procedimiento se utiliza para cada localidad alternativa y la estimación de la probabilidad de x provenga de la localidad A, teniendo en cuenta otras localidades como B,C… sera:E(X/A) = P(X/A) /( P(X/A) + P(X/B) + P(X/AC) …) Se tomaron como criterio de determinación correcta: para los métodos filogenéticos agrupamiento con secuencias de la localidad de origen con un valor de boostrap mayor a 70 y para el estimador definido aquí E >0,95El método combinatorio determino correctamente el sitio de las 10 secuenciasEl análisis NJ demostró correctamente la ubicación de 3 secuencias aunque agrupo correctamente a otras 5 con menores valores de boostrap. El analisis MP ubico correctamente el origen 5 secuencias (boostrap mayores que 70%), quedando el resto con origen indeterminado.