Detección de nuevo linaje e integrasa de integrón a partir del análisis genómico de Pseudomonas sp. Ca10SN1

ALONSO FM; CHAMOSA LS; CENTRON D; QUIROGA MP

Mar del Plata

Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental - I Jornada de Microbiología General; 2018

Asociación Argentina de Microbiología

Pseudomonas es un género de gran éxito evolutivo,favorecido por su gran capacidad de adaptación tanto a nichos ambientales comoclínicos. La taxonomía del género ha avanzado en conjunto con la disponibilidadde nuevas metodologías de secuenciación y análisis. En este trabajo nosproponemos realizar un estudio genómico y filogenético de la cepa Pseudomonas sp. Ca10SN1 con énfasis enlas principales características asociadas a la Transferencia HorizontalGenética y resistencia antibiótica. Este aislamiento fue obtenido y cultivado in situ en agar nutritivo a partir deuna muestra de sedimento en cercanías al Rio Rincón (S 27º 37.999´; W 68º 14.300´ y 3789 msnm) provincia de Catamarca, Argentina. Sedeterminaron las condiciones de crecimiento óptimas a 28°C durante 24 hs enagar y caldo Mueller Hinton. Se realizó un antibiograma siguiendo loslineamientos del EUCAST para el género el cual mostró halos de altasensibilidad (>30mm) para todos los antibióticos probados. Se secuenció elgenoma completo mediante llluminaMySeq que se ensambló iterativamente (2656330 lecturas crudas y 121 contigs post ensamblado). Porotro lado,seanalizó el genoma con RAST(Rapid Annotation using SubsystemTechnology), IntegronFinder y PHAST .De acuerdo a los 23 organismos más relacionados a Ca10SN1,según la base de datos del RAST y sumando cepas de referencia, se realizó unMultilocus Sequence Analysis (MLSA).Para ello, se concatenaron los genes housekeeping16S, gyrB, rpoD y rpoB y se realizóun árbol filogenético usando MEGA 7. Para determinar la proximidad entreespecies se calculó la identidad promedio de nucleótidos (ANI, Average Nucleotide Identity) utilizandoJSpeciesWS. Filogenéticamente, Pseudomonassp. Ca10SN1 se agrupa de forma aislada respecto al conjunto de las cepasanalizadas, la ANI respecto a la cepa más cercana (Pseudomonas mendocina ymp) fue de 79,01±2,24 (corte: 95%). Se detectóunanueva integrasa de integrón (intIPsca)con motivo ALRR. Además, se identificaron 19 CALIN´s (clusters of attCsites lacking integron-integrases) insertos en 13 sitios a lolargo del cromosoma, y 1 profago lambda completo. Las herramientas usadas handemostrado ser confiables para la delineación de especies y la identificaciónde cepas en Pseudomonas spp. Elconjunto de los resultados obtenidos no solo sugiere que Pseudomonas sp.Ca10SN1 pertenece a un nuevo linaje de Pseudomonas, sino que también evidencianla diversidad de nuevas integrasas de integrón de origen ambiental.