Identificación de polimorfismos para el desarrollo de marcadores moleculares a través de técnicas bioinformáticas.

CORVA, P.M., SORIA, L.A., PEREZ CENCI, M. Y GIOVANNINI, N.

San Luis - Argentina

Congreso; 35º Congreso Argentino de Genética.; 2006

Sociedad Argentina de Genética

GMA3 IDENTIFICACIÓN DE POLIMORFISMOS PARA EL DESARROLLO DE MARCADORES MOLECULARES A TRAVÉS DE TÉCNICAAS BIOINFORMÁTICAS Corva, P.M1., L.A Soria2, M Perez Cenci,3 N Giovannini1. 1 Unidad Integrada Balcarce (EEA-INTA y Facultad de Ciencias Agrarias, UNMDP). 2 Facultad de Ciencias Veterinarias, UBA. 3 Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales, UNaM . pcorva@balcarce.inta.gov.ar   La disponibilidad creciente de secuencias de ácidos nucleicos en bases de datos de libre acceso estimula la utilización de metodologías bioinformáticas para la investigación en genómica. Una de estas aplicaciones aprovecha las colecciones de EST (Expressed Sequence Tags), fragmento de largo variable correspondientes al ARNm de un organismo que representan el patrón de expresión en un tejido y tiempo específicos. La acumulación de EST de diversas procedencias en bases de datos genera un proceso de muestreo que puede utilizarse para estudiar la variabilidad poblacional de una especie. En base a este principio se creó un marcador molecular para el gen bovino de Calpastatina (CAST), asociado a la variabilidad en la terneza de la carne. Noventa y siete secuencias correspondientes al gen CAST bovino fueron recuperadas de GenBank y alineadas con el programa CAP3. Los contigs resultantes fueron analizados con el programa AutoSNiP. Para distinguir polimorfismos genuinos de los errores de secuenciación se estableció un criterio de “redundancia”, basado en el número de veces que un mismo alelo aparecía en una posición del contig. Entre los potenciales SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) destacados, tres localizados en la región 3’-UTR cumplieron ese criterio. Uno de ellos se eligió para diseñar un marcador, utilizando un sistema PCR-RFLP (enzima Tsp5091). Se confirmó la existencia del polimorfismo en CAST en una muestra de 129 novillos de grupos genéticos diversos. Se determinaron frecuencias alélicas y genotípicas. Este ejercicio confirma el potencial de una estrategia de fácil acceso, bajo costo y que aporta resultados confiables para su aplicación en la investigación.