Evolución y mapeo de elementos transponibles cortos dispersos (SINEs) en tomate

SANCHEZ, D. M.; MARTÍ, D. A.; GRABIELE, M.

Posadas

Jornada; Jornada de Presentación de Proyectos Interinstitucionales del CEDIT; 2014

Ministerio de Cultura, Educación, Ciencia y Tecnología de Misiones

Los elementos transponibles cortos dispersos (SINEs) son útiles para el mapeo comparativo y la selección asistida por marcadores. Este trabajo pretende identificar y clasificar SINEs en el genoma de tomate mediante herramientas de bioinformática, e.i. BLAST, CENSOR, aplicadas sobre secuencias depositadas en bases de datos globales de dominio público, e.i. NCBI (National Center for Biotechnology Information), GIRI (Genetic Information Research Institute) y construir un mapa genético marco del genoma del tomate, útil al mejoramiento asistido mediante marcadores moleculares. Se buscó en la base de datos de NCBI el genoma de tomate, obteniéndose su versión 2.40. La secuencia consenso preliminar de AuSINE se obtuvo por búsqueda BLAST. Con dicho consenso se realizó un BLAST dentro del genoma de tomate en Geneious 7.1.4. Aquellas secuencias con valores de E-value menores al valor de corte establecido (1x10-5) fueron caracterizadas por edición y anotación bioinformática de sus regiones y se mapearon al genoma de referencia. El genoma de tomate 2.40 organizado en 13 grupos de ligamiento (0-12) con 770 Mpb, presenta 12 pseudocromosomas (PS) de su genoma haploide más un fragmento de 20 Mpb. La secuencia consenso preliminar de AuSINEs, de 180 Pb, se obtuvo por comparación de 133 hits/BLAST con SINE2-1Tae (GIRI) dentro del genoma de tomate. Con esta secuencia consenso preliminar se realizó un BLAST dentro del genoma de tomate que arrojó 703 BLAST hits, de las cuales 462 caen por debajo del valor de corte de E-value y 241 por encima (menores a 70 Pb). El mapeo de las 462 secuencias al genoma de referencia reveló que todos los PCs presentan AuSINEs, incluso el fragmento de 20 Mpb, y estos elementos se ubican mayoritariamente en las regiones sub-teloméricas al igual que los genes, como es de esperarse para una especie en la que la heterocromatina es ubicua en sus regiones centroméricas. Las secuencias AuSINEs se encontraron en muy baja densidad en el genoma de tomate en relación a otros elementos transponibles (Gypsy y Copia) que constituyen más del 70%. Este trabajo evidencia una buena correlación entre los datos bibliográficos y los resultados obtenidos en cuanto a la presencia, mapeo y densidad de AuSINEs en vegetales. Como se prevé, la próxima etapa del estudio abordará la evolución molecular de esta familia en el genoma de tomate.