Identificación e impacto de secuencias repetidas en el genoma de Solanáceas, con énfasis en especies cultivadas en Misiones

COSSIO, M.; MARTÍ, D. A.; GRABIELE, M.

Posadas

Jornada; Informe Final 2014 Programa de Becas y Pasantías del CEDIT; 2014

Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica de Misiones

El tomate es un cultivo hortícola de carácter familiar en Misiones (1000 toneladas/año). Para incrementar el rendimiento como la calidad de los frutos, es preciso obtener herramientas que permitan evaluar el germoplasma disponible de manera más eficiente. Al respecto, la disponiblidad actual del genoma del tomate (Solanum lycopersicum) facilita dichos análisis. De acuerdo a los antecedentes mencionados se planteó y desarrolló el siguiente objetivo: Identificar y clasificar secuencias repetidas en el genoma de tomate útiles al mejoramiento asistido mediante marcadores moleculares, a través de herramientas de bioinformática de reconocimiento basado en homología, e.i. BLAST, CENSOR, aplicadas sobre secuencias depositadas en bases de datos globales de dominio público, e.i. NCBI, SGN, GIRI. Se observó que los elementos transponibles (TEs) comprenden la mayoría del ADN repetitivo del genoma de tomate. La Clase Retrotransposones con-LTR es ampliamente la más abundante (83%), seguida por los Transposones (14%) y los Retrotransposones sin-LTR (4%). Por su parte, los elementos dispersos de los clados Mariner/Tc1 (0,07%), RTE (0,28%) y SINE (0,16%), particularmente los tRNA SINEs (0,09%), son los menos abundantes, y por su naturaleza inherente a su tamaño, baja complejidad nucleotídica y movilidad resultan útiles para el mapeo comparativo y la selección asistida por marcadores.