Sensibilidad y especificidad de los métodos de NGS para la detección de resistencia en cepas xdr resistentes de mycobacterium tuberculosis circulantes en argentina

SOSA, EZEQUIEL JORGE ; MONTESERIN, JOHANA ; FERNÁNDEZ DO PORTO, DARIO; FERNÁNDEZ BENEVENTO, ANDRÉS; MATTEO, MARIO; YOKOBORI, KAORU; POKLEPOVICH, TOMAS; WAINMAYER, INGRID; CAMPOS, JOSEFINA; SIMBOLI, NORBERTO; RITTACO, VIVIANA; TURJANSKI, ADRIÁN

Buenos Aires

Congreso; XV Congreso Argentino de Microbiologia (CAM 2019); 2019

Sociedad Argentina de Microbiología (SAM)

MI 0750191 - SENSIBILIDAD Y ESPECIFICIDAD DE LOS MÉTODOS DE NGS PARA LA DETECCIÓNDE RESISTENCIA EN CEPAS XDR RESISTENTES DE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSISCIRCULANTES EN ARGENTINASOSA, Ezequiel Jorge 1 | MONTESERIN, Johana2 | FERNÁNDEZ DO PORTO, Dario1 | FERNÁNDEZ BENEVENTO,Andrés1 | MATTEO, Mario2 | YOKOBORI, Kaoru2 | POKLEPOVICH, Tomas2 | WAINMAYER, Ingrid2 | CAMPOS,Josefina2 | SIMBOLI, Norberto2 | RITTACO, Viviana2 | TURJANSKI, Adrian1IQUIBICEN 1; INEI-ANLIS "DR. CARLOS G. MALBRÁN" 2Introducción y Objetivos: Las infecciones con Mycobacterium tuberculosis (Mtb), suelen tratarse y resolversecon una terapia estándar de al menos 3 antibióticos diferentes durante 6-9 meses, se estima queaproximadamente un 40% de los casos de tuberculosis no son diagnosticados y tratados de manera correcta.En particular aquellas cepas extremadamente resistentes (XDR) -que presentan resistencia a rifampicina (RIF),isoniazida (ISO), un antibiótico inyectable de segunda línea y una fluoroquinolona (FQL)- son un problema seriopara los sistemas de salud a nivel global. Argentina no está exenta de la aparición de TB-XDR, se han reportadovarios casos y evaluado terapias alternativas para su tratamiento. Con el objetivo de estudiar la correlaciónentre las pruebas fenotípicas de sensibilidad de las drogas anti-TB y la predicción genotípica mediante NextGeneration Sequencing (NGS) a nivel local, se secuenciaron y analizaron aislamientos clínicos de TB-XDR,obtenidos en Argentina entre los años 2003-2015.Materiales y Métodos: Para cumplir con el objetivo planteado, se realizó la secuenciación genómica masiva a48 aislamientos clínicos de TB-XDR. Las pruebas fenotípicas de sensibilidad a drogas se realizaron por elmétodo de las proporciones. Brevemente, se realizó el mapeo contra la cepa de referencia H37Rv con BWA, elllamado de variantes con GATK y la anotación de variantes con SnpEff. Para determinar las mutaciones queconfieren resistencia a drogas los SNPs obtenidos fueron comparados con bases de datos de resistencia comoTBProfiler, CARD y datos bibliográficos. Se analizó la sensibilidad y especificidad de la predicción genómica de laresistencia para las siguientes drogas RIF, ISO, Etambutol (EMB), Kanamicina (KAN), Estreptomicina (STR),Amikacina (AMI), Capreomicina (CAP) y FQL, utilizando como gold standard el método fenotípico. Por último,para ubicar en contexto filogenético global las cepas XDR circulantes se construyó un árbol filogenético(maximum likelihood) con RAxML.Resultados: La predicción genómica de la resistencia mostró una sensibilidad > al 90% para STR, RIF, ISO y> al 80% para amikacina, CAP, KAN y FQL. Una sensibilidad inferior se obtuvo para EMB (76%) debido, probablemente, a la complejidad de los mecanismos moleculares que subyacen al resistencia de esta droga (las mutaciones en embB son el mecanismo más comúnmente reportado, que no están necesariamente involucradas en la resistencia pero predisponen a los aislamientos a desarrollarla). En cuanto a la especificidad, no se pudo probar para ISO y RIF por tratarse de cepas XDR. Por otro lado CAP, KAN y FQL obtuvieron valoresde especificidad por encima del 75%. Finalmente para AMI, STR y EMB la misma está por debajo del 40%.Conclusiones: Nuestros resultados muestran que existe una importante correlación entre los métodos genotípicos y fenotípicos para ISO, RIF, CAP y FQL. Por último, nuevos estudios se requieren para aumentar la especificidad de AMI, STR y EMB.