VIGILANCIA ACTIVA DE VARIANTES DE SARS-COV-2 EN ROSARIO Y SUR DE LA PROVINCIA DE SANTA FE

AGUSTINA CERRI; ELISA M. BOLATTI; PABLO E. CASAL; EDUARDO CODINO; M.B MARTI; LUCIA MORIENA; A. ASUETA; L. VILLAREAL; A. PONZI; C. BOGADO; L. PORFIRI; P. DIAZ VIÑUELA; F. DASSIE; M. BORDON; M. BALSEIRO; JAVIER SFALCIN; A. SERAVALLE; M. GALIZZI; CLARA FAY; M. FAY; VICTORIA POSNER; SILVIA ARRANZ; ANA LAURA CAVATORTA; VANINA VILLANOVA; FABIAN FAY; ADRIANA A. GIRI

Jornada; XV Jornadas de Ciencias, Tecnologías e Innovación de la UNR; 2021

Desde diciembre de 2020, las variantes del SARS-CoV-2 han impulsado las nuevas olas de la COVID-19 a nivel mundial. La OMS ha definido variantes de preocupación, variantes de interés y variantes para monitoreo, en base a la presencia de mutaciones que conducen a cambios de aminoácidos en el gen Spike (S) del virus por las implicancias de esta región en la biología viral y su potencial impacto en los tratamientos y las vacunas. Entre las variantes de preocupación más relevantes se ha descripto las Alfa, Beta, Gamma y Delta, detectadas inicialmente en Reino Unido, Sudáfrica, Brasil e India, respectivamente. Para determinar su posible circulación, se requiere hacer vigilancia activa del virus, mediante la secuenciación del genoma completo o de secuencias parciales que incluyan los marcadores genéticos de interés. Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes en el sur de la provincia de Santa Fe se realizaron muestreos en Rosario y 23 localidades de la región. Del total de diagnósticos positivos por RT-qPCR para SARS-CoV-2 se seleccionaron 5-11% de muestras positivas por semana epidemiológica (SE). Para conocer las variantes de circulación comunitaria, se excluyeron muestras de individuos infectados en viajes al exterior, sus contactos estrechos y clústeres de una misma infección. La secuenciación parcial del gen S de SARS-CoV-2 se realizó con el protocolo adaptado del CDC (https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/10/20-1800_article), siguiendo las recomendaciones del Proyecto PAIS (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). Para el período comprendido entre el 16/5/2021 al 31/7/2021 (SE 20 a 30) se obtuvieron 447 secuencias parciales del gen S por método Sanger. Mediante herramientas bioinformáticas se identificaron mutaciones marcadoras que permitieron inferir la siguiente asignación de variantes de SARS-CoV-2: 378 secuencias correspondieron a la variante Gamma (84,6%), 41 a Lambda (9,17%) y 26 a Alfa (5,82%). Ninguna de las secuencias analizadas correspondió a variantes de la primera ola de SARS-COV-2 en la provincia de Santa Fe, indicando su reemplazo por estos nuevos linajes. En un contexto nacional de vacunación masiva contra la COVID-19 y teniendo en cuenta la eminente circulación comunitaria de la variante Delta en nuestro país y/o de nuevas variantes virales, es fundamental continuar con la vigilancia activa hasta la resolución de la pandemia por SARS-COV-2.