IDENTIFICACIÓN DE NUEVOS CORONAVIRUS EN MURCIÉLAGOS DE ARGENTINA POR METAGENÓMICA

AGUSTINA CERRI; ELISA BOLATTI; TOMAZ M. ZOREC; AGUSTINA RIMONDI; LEA HONJAK; M. EUGENIA MONTANI; VIOLETA DI DOMENICA; VALERIA S. OLIVERA; GASTÓN VIARENGO; PABLO E. CASAL; GERMÁN SAIGO; DIEGO CHOUHY; RUBÉN BARQUEZ; MARIO POLJAK; ADRIANA A. GIRI

Vaquerías, Córdoba

Encuentro; XLII Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Virología; 2022

Sociedad Argentina de Virología

Los murciélagos son considerados reservorios naturales de importantes infecciones zoonóticas, algunas de las cuales pueden causar graves enfermedades en humanos. Por ello, conocer los virus presentes en murciélagos en estrecho contacto con poblaciones humanas, es importante a fin de detectar posibles saltos interespecies, prevenir enfermedades y contribuir a la conservación de estos animales. Utilizando un enfoque metagenómico para la identificación de secuencias virales, analizamos muestras de heces de individuos de la especie Tadarida brasiliensis de una colonia migratoria y maternal en el centro de la ciudad de Rosario. Se seleccionaron muestras de heces de 20 individuos que fueron procesadas, agrupadas en dos pooles según la temporada de recolección (2016/2017 y 2017/2018) y sometidas a un tratamiento para el enriquecimiento de partículas virales. El ARN viral fue extraído y se prepararon librerías genómicas que fueron secuenciadas en la plataforma Illumina Nextseq 550. En total, se obtuvieron 31.386.428 lecturas que fueron sometidas a análisis de calidad, filtradas por secuencias del huésped y ensambladas de novo utilizando diversas herramientas bioinformáticas. Los cóntigos mayores a 500 pb fueron clasificados mediante bases de datos virales utilizando BlastN y DIAMOND. La clasificación obtenida fue resumida mediante MEGAN6. Específicamente, se detectaron 15 cóntigos relacionados a la familia Coronaviridae, que fueron seleccionados para posteriores análisis. Las secuencias fueron analizadas y comparadas con secuencias de referencia mediante softwares predictores para la detección de la orientación y de los marcos de lectura abiertos codificantes para las proteínas virales. Se logró reconstruir el genoma completo de un nuevo coronavirus mediante alineamiento de 8 cóntigos diferentes (~6,000 pb cada uno) con el genoma de referencia más cercano. Además, se obtuvieron 2 cóntigos de ~30,000 pb y 5 cóntigos de ~6,000 pb que correspondieron a 2 genomas completos y 2 genomas parciales de nuevos coronavirus, respectivamente. Utilizando secuencias de referencia de coronavirus conocidos se construyeron árboles filogenéticos por máxima verosimilitud con los 5 genomas obtenidos que permitieron inferir que los nuevos virus corresponden al género Alphacoronavirus. Según los criterios de demarcación para la designación de nuevos virus de la familia Coronaviridae, determinamos que los nuevos virus representarían nuevas especies, con similitudes entre 60 y 80% en sus secuencias aminoacídicas en el ORF1ab con respecto a otros coronavirus. Estos hallazgos representan los primeros genomas completos de coronavirus reportados en murciélagos de Argentina y en la especie T. brasiliensis. Este estudio aporta datos relevantes para la vigilancia de virus con potencial zoonótico presentes en murciélagos que viven en estrecho contacto con los humanos y contribuye a determinar su papel como posible reservorios de patógenos. Financiamiento: ANPCyT PICT 2019-01790.