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INTRODUCCIÓN: De acuerdo a una divergencia nucleotídica superior o igual al 8% en la secuencia genómica completa, el HBV ha sido clasificado en 8 genotipos (A H) asociados a una distribución geográfica característica. A partir de un análisis exhaustivo de las secuencias de genomas completos del HBV presentes en el GenBank, se han documentado varias cepas recombinantes en Europa, África y Asia. En cambio, en el continente americano, sólo se ha comunicado hasta el momento el genoma completo de una única cepa recombinante entre los genotipos F y C del HBV (Simmonds et al.; J Virol, 2005). La genotipificación de los aislamientos del HBV posee una significativa relevancia en estudios de epidemiología molecular, así como también en el pronóstico clínico y -en ciertos casos- en la predicción de la respuesta a la terapia antiviral instituida.La amplificación del genoma completo del HBV por PCR seguida de la secuenciación nucleotídica es considerada el estándar de referencia para la genotipificación de cepas virales aisladas, aunque no es empleada rutinariamente.OBJETIVO: Caracterizar el genoma completo de una cepa de HBV que exhibía discrepancia en su asignación genotípica al estudiarse el gen S mediante Polimorfismo de la Longitud de los Fragmentos de Restricción (RFLP) y secuenciamiento nucleotídico.PACIENTE, MATERIALES Y MÉTODOS: En el presente estudio, se describe la caracterización genómica completa de una cepa del HBV aislada de una muestra sérica obtenida en el año 1995 de un paciente de sexo masculino de 26 años de edad con antecedentes de uso de drogas por vía inyectable e inhalatoria. Se efectuaron ensayos serológicos para la detección del antígeno de superficie de HBV (HBsAg), inmunoglobulinas totales dirigidas contra el antígeno del core de HBV (anti-HBc), el virus de la inmunodeficiencia humana (HIV) y el virus de la hepatitis C (HCV).La muestra fue sometida a un proceso de extracción del ADN mediante el empleo de lisis alcalina. El gen S del HBV fue parcialmente amplificado mediante PCR, caracterizado mediante RFLP, y subsiguientemente secuenciado y sujeto a análisis filogenético y de pesquisa de recombinantes. Posteriormente, dos fragmentos solapados del ADN del HBV que cubren la totalidad del genoma viral fueron amplificados mediante PCR y ulteriormente cada uno de ellos fue sometido a 4 eventos de amplificación por PCR anidada, obteniéndose 8 amplicones secuenciados bidireccionalmente. RESULTADOS: Los análisis serológicos efectuados en esta muestra arrojaron resultados negativos para HBsAg, pero positivos para anticuerpos totales anti-HBc, anti-HIV y anti-HCV.El gen S del HBV fue amplificado parcialmente y subsiguientemente caracterizado mediante RFLP, adscribiendo dicha cepa al genotipo D. Sin embargo, cuando el producto de PCR fue secuenciado y sometido al análisis filogenético (Phylip package 3.5c), la muestra fue ubicada distante de las del genotipo D, pero cercana a otras secuencias del subgenotipo A2. Como consecuencia de esta discrepancia, la secuencia parcial del gen S fue analizada por los programas Simplot (version 3.5.1) y Simmonic 2005 Sequence Editor Package (version 1.5), demostrándose un evento de recombinación que fue posteriormente confirmado por un tercer método desarrollado por uno de los autores (P.D.G.). Con el objetivo de completar su caracterización, el genoma completo de la cepa recombinante fue amplificado y posteriormente secuenciado. El análisis filogenético adscribió dicha secuencia al subgenotipo D3. Sin embargo, el análisis de Bootscanning disponible en el programa Simplot (version 3.5.1) demostró que dicha cepa exhibía un segmento recombinante de HBV/A2 entre las posiciones nucleotídicas 147 a 636 del gen S insertado en un genoma adscripto a HBV/D3. CONCLUSIONES: Este estudio constituye el primer reporte en el continente americano de caracterización genómica completa de una cepa del HBV recombinante entre los genotipos D y A.

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