Genoma completo del virus hepatitis B (HBV) proveniente de donantes de sangre de Misiones: es necesario proponer una nueva clasificación filogenética para los subgenotipos D?

CANEPA C; PATACCINI G; GENTILE E; CUESTAS M; CASTILLO A; BERINI C; MALAN R; PEDROZO W; OUBIÑA J; BIGLIONI M; MATHET V; DELFINO C

Congreso; XIII Congreso Argentino de Microbiología; 2013

Introducción Existen 9 genotipos de HBV (A-H, J) y múltiples subgenotipos (SG) con diferente distribución mundial. Por convención, la divergencia entre genotipos es del 8% como mínimo y mayor al 4% entre subgenotipos, basándose en el análisis de secuencias de genoma completo. Para el genotipo D se han identificado 9 subgenotipos (D1-D9). Sin embargo, en muchas ocasiones dicha clasificación se basa en estudios de fragmentos del genoma, con lo cual los valores reportados pueden no reflejar la divergencia real entre las distintas cepas estudiadas. En Argentina se han descripto varios subgenotipos de D en diferentes poblaciones y regiones del país. Nuestro grupo observó que 2 secuencias nucleotídicas de la región parcial del gen S de HBV (CM1, CM4) provenientes de donantes de sangre de la provincia de Misiones agruparon en el árbol filogenético con secuencias reportadas previamente como recombinantes  D3/D6, detectadas en el sur de Brasil. Objetivos Clasificar las cepas de HBV CM1 y CM4 mediante el análisis filogenético del genoma completo, respetando los porcentajes de divergencia establecidos mundialmente para la clasificación en subgenotipos. Evaluar el estado de situación en la subclasificación del genotipo D de HBV en base al análisis filogenético de todas las secuencias de genoma completo de dicho genotipo depositadas en el GenBank. Materiales y Métodos  Se amplificó el genoma completo de HBV de las muestras CM1 y CM4 provenientes de donantes de sangre de la provincia de Misiones por n-PCR. La matriz de identidad para CM1 y CM4 fue construida con secuencias de genoma completo de SG D3 y la totalidad de las secuencias D6 depositadas en el GenBank (Bioedit 7.1). Las secuencias CM1 y CM4 fueron alineadas (Clustal W) con todas las secuencias de genoma completo de HBV de genotipo D disponibles en el GenBank. Se construyó un árbol filogenético (Neighbor-joining, MEGA v 5.0) y el análisis estadístico se realizó mediante Bootstrap con 1000 réplicas. Resultados En la matriz de identidad de CM1 y CM4 se documentaron valores entre 0,966% y 0,978% al comparar con secuencias  SG D3 y entre 0,962% y 0,973% al compararlas con D6, presentando un 2% de divergencia con las restantes cepas de SG D3 detectadas en este estudio. Por otro lado, al analizar la divergencia entre los SG de D reportados en el GenBank se observa que en algunos casos no se cumple con el criterio de divergencia establecido (≥4%). Conclusiones En este estudio se determinó que las secuencias CM1 y CM4 pertenecen al SG D3, documentándose una importante diversidad regional para este SG de HBV. Se observó una subclasificación excesiva del genotipo D de HBV,  luego de realizar el análisis filogenético de todas las secuencias de genoma completo publicadas en el  GenBank. Este hecho amerita una reclasificación del genotipo D en subgenotipos mediante el análisis del genoma completo y respetando el 4% de divergencia establecido mundialmente para la clasificación en subgenotipos.