Secuenciación multiplex de SARS-CoV-2 en muestras clínicas: Caracterización genómica de la primera ola de COVID-19 en la Provincia de Santa Fe.

CERRI, AGUSTINA; ACOSTA, JULIÁN; ANGELONE, LAURA; ARRANZ, SILVIA; ELISA, BOLATTI; BULACIO, PILAR; CASAL, PABLO; CAVATORTA, ANA LAURA; CHOUHY, DIEGO; EZPELETA, JOAQUIN; GARCIA LABARI, IGNACIO; LAVISTA LLANOS SOFIA; MURILLO, JAVIER; POSNER VICTORIA; RE, MARIA FLORENCIA; SPETALE, FLAVIO; SPINELLI, SILVANA; TAPIA, ELIZABETH; VIARENGO, GASTON; VILLANOVA VANINA; GIRI, ADRIANA

Jornada; XXVIII Jornadas de Jóvenes Investigadores 2021 AUGM; 2021

La caracterización de la diversidad genética de virus emergentes es crucial para el desarrollo de soluciones diagnósticas y vacunas que puedan atender de forma efectiva a potenciales brotes. El objetivo de este trabajo fue el desarrollo de una metodología de secuenciación genómica para identificar las variantes circulantes del SARS-CoV-2 en la provincia de Santa Fe durante 2020. Se desarrolló y optimizó una estrategia de secuenciación multiplex con la tecnología Oxford Nanopore Technologies en equipos MinIon, para secuenciar genomas completos de SARS-COV-2. La estrategia se aplicó para secuenciar muestras en una única reacción, obteniéndose parámetros de calidad (cobertura, profundidad y crosstalk) adecuados. Se seleccionaron muestras de pacientes con diagnóstico positivo para SARS-COV-2 y se obtuvieron 212 genomas completos de individuos residentes en 58 localidades de la provincia de Santa Fe. Las secuencias obtenidas se clasificaron por taxonomía dinámica de linajes con el programa Pangolin COVID-19 Lineage Assigner y fueron analizadas filogenéticamente por Máxima Verosimilitud. Los genomas obtenidos correspondieron a 6 linajes [B.1.499 (56,1%), N.5 (35,4%), N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%)], en coincidencia con lo observado en otras provincias argentinas durante el 2020. Dentro de estos linajes se identificaron clusters de secuencias con estrecha cercanía geográfica, evidenciando cadenas de transmisión viral dentro de la provincia de Santa Fe y/o con las provincias vecinas. Además, se observó que el linaje B.1.499 habría sido desplazado por el N.5. Es necesario caracterizar la segunda ola para conocer el impacto de las nuevas variantes en el patrón epidemiológico de la provincia.