Genómica aplicada al estudio de la microevolución de Staphylococcus aureus en las vías aéreas de pacientes con fibrosis quística

MARÍA SOL HAIM; RAHAT ZAHEER; AMRITA BHARAT; SABRINA DI GREGORIO; JOSÉ DI CONZA; LAURA GALANTERNIK; SILVINA LUBOVICH; GEORGE R. GOLDING; MORAG R. GRAHAM; GARY VAN DOMSELAAR; SILVIA T. CARDONA; MARTA MOLLERACH

Buenos Aires

Congreso; V Congreso Argentino de Fibrosis Quística; 2019

Objetivo: Staphylococcus aureus ha desarrollado diversos mecanismos de adaptación para persistir en las vías aéreas de pacientes con fibrosis quística (FQ). El objetivo de este trabajo fue estudiar a nivel genómico la microevolución de S. aureus en las vías aéreas de pacientes con FQ.Materiales y Métodos: se secuenciaron los genomas completos de aislamientos sucesivos de S. aureus recuperados de 4 pacientes con FQ utilizando la plataforma Illumina Miseq. Los aislamientos de cada paciente estaban clonalmente relacionados por PFGE pero algunos presentaban diferencias en sus antibiotipos. Las lecturas obtenidas se ensamblaron de novo utilizando SPAdes. Se anotaron los contigs utilizando PROKKA. Las relaciones filogenómicas fueron analizadas mediante árboles basados en variantes de nucleótido único utilizando SNVphyl. Se buscaron genes de resistencia con CARD, RESFinder y ARG-ANNOT. Los cambios en el genoma accesorio se analizaron con PlasmidFinder, PHASTER e ISseeker.Resultados: se evidenció heterogeneidad en la dinámica evolutiva, identificando cambios genéticos tanto en el genoma conservado como en el accesorio. Las modificaciones que surgieron durante el curso de la infección y fueron conservadas en aislamientos sucesivos incluyeron cambios en genes relacionados con resistencia, virulencia, captación del hierro y resistencia al estrés oxidativo. Adicionalmente, algunos aislamientos recuperados de distintos pacientes poseen mutaciones en los mismos genes, asociados con resistencia a antimicrobianos (rpsJ, gyrA) y virulencia (htrA, thyA).Conclusión: aplicando genómica comparativa describimos patrones específicos de adaptación de S. aureus a las vías aéreas de pacientes con FQ que contribuyen al conocimiento de la patogénesis de este microorganismo en dicha patología.