Análisis comparativo de profagos detectados en genomas de Streptococcus agalactiae circulantes en Argentina

KOVACEC, V.; DI GREGORIO, S.; CAMPOS, J.; ARIAS, B.; DI DONATO, M.; LOPARDO, H.; MOLLERACH, M.; BONOFIGLIO, L.

Jornada; Primeras Jornadas Latinoamericanas de Bacteriófagos; 2019

Las infecciones invasivas causadas por Streptococcus agalactiae (EGB) pueden producir severas secuelas tanto en neonatos como en adultos. Se ha descrito que la presencia de profagos o de sus remanentes contribuye a la virulencia de EGB ya sea por aumentar el fitness bacteriano o por proveer o afectar la expresión de factores de virulencia o genes de resistencia a antibióticos. En el marco de un Estudio Nacional Multicéntrico, previamente detectamos contenido profágico en más del 90% de las cepas invasivas de EGB recolectadas. Seleccionamos 10 cepas con distinto serotipo,origen clínico y perfil de resistencia antibiótica para secuenciar su genoma completo (SGC). El objetivo de este trabajo fue detectar la presencia de profagos en 4 genomas completos de EGB y realizar su caracterización con herramientas bioinformáticas.Se extrajo ADN genómico total utilizando un kit comercial y se realizó la SGC con la plataforma Miseq (Illumina) usando la química V2. Se controló la calidad de los reads con FastQC y se los ensambló con SPAdes. Los genomas fueron anotados con RAST. La detección de profagos serealizó con los programas PHASTER, PhiSpy, Prophinder y posterior inspección manual. Se determinó la familia viral de los profagos con VIRFAM. Se buscó la homología de los profagos con genomas depositados en bases de datos con BLASTn. La visualización de los genomas se realizócon Artemis y el análisis comparativo con ACT. Se buscaron genes de resistencia a antibióticos y virulencia con ResFinder, VirulenceFinder y BLAST. Finalmente se realizaron análisis filogenéticos con los genes codificantes de lisina, proteína portal y holina utilizando PhyML.Se halló un total de 5 profagos de la familia Siphoviridae en 3/4 genomas de EGB, mientras que en 4/4 se encontraron remanentes fágicos y regiones CRISPR-Cas.Los 5 genomas fágicos se caracterizaron por tener entre 37-42kb, 36-43%GC, 89-93% de genoma codificante (41-65 ORFs, 42-70% con función putativa asignada), organización modular de losgenes: lisogenia-replicación-empaquetamiento-morfogénesis-lisis. No se detectaron genes de resistencia antibiótica conocidos. En 4/5 profagos se encontraron ORFs codificantes de proteínas putativas relacionadas a: sistemas toxina-antitoxina, fitness bacteriano y/o virulencia.El análisis comparativo de los genomas y filogenético de genes seleccionados reveló que 2/5 profagos, provenientes de cepas con características diferentes, están relacionados entre sí y con elprofago JX01 de EGB descripto en la bibliografía. Los 3 profagos restantes no están relacionados con ninguno de los anteriores ni entre sí, pero sí presentan alta similitud con fagos de EGB depositados en bases de datos.Los resultados obtenidos son el primer paso en la caracterización de la diversidad de profagos presentes en aislamientos invasivos de EGB circulantes en Argentina. Esto, además, será la base para evaluar a futuro si la presencia de determinados profagos cumple un rol en la epidemiologíade este patógeno.