Análisis de la microevolución de aislamientos de Staphylococcus aureus ST8 recuperados de un mismo paciente utilizando secuenciación de última generación (NGS)

DI GREGORIO, S.; CAMPOS, J.; WELTMAN, G.; ZARATE, M.; SMAYEVSKY, J.; MOLLERACH, M.

Buenos Aires

Congreso; VIII Congreso de la Sociedad Argentina de Bacteriología, Micología y Parasitología Clínicas-SADEBAC; 2018

Asociación Argentina de Microbiología

Introducción:Staphylococcusaureuses un patógeno con extraordinaria capacidad para adquirirresistencia a antibióticos. Previamentedescribimos la caracterización molecular de 4 aislamientosisogénicos de S.aureus delST8,recuperados sucesivamente de un paciente con bacteriemia. Losprimeros aislamientos (SAMS1, SAMS2, y SAMS3) fueron sensibles acefoxitina (FOX) y oxacilina (OXA), mientras que el último (SA2)resultó sensible a FOX y resistente a OXA, pero carente del gen mecAo mecC.En este estudio, nuestro objetivo fue caracterizar las secuencias del genoma completo (SGC) de tales cepas isogénicas con el fin de desentrañar los cambios genómicos asociados a su resistencia a antibióticos. Materialesy Métodos:Serealizó la extracción de ADN genómico total utilizando un kitcomercial,y la SGC de los aislamientos con la plataforma Miseq (Illumina)usando la química V2. El control de calidad de los reads obtenidosse realizó con FASTQC. Para el análisis de secuencias se utilizaronlos siguientes programas: SMALT (mapeo de los reads contra genoma dereferencia), snippy (detección de polimorfismos únicos denucleótidos, SNPs), ARIBA con bases de datos resfinder, argannot yCARD (detección de genes de resistencia), SPAdes/Velvet (ensamble denovo),PROKKA (anotación de genes). Todas las variantes fueroninspeccionadas y corroboradas manualmente mediante su visualizacióncon Artemis.Serealizó la determinación de la concentración inhibitoria mínima(CIM) para vancomicina (VAN), y teicoplanina (TEI) por Vitek, y elensayo de predifusión con discos de VAN y TEI como test de screeningpara hVISA (punto de corte VAN<=22 mm, TEI <20mm).Resultados:Lossiguientes genes y mutaciones asociadas a la resistencia aantibióticos fueron detectados en las 4 cepas: blaZ,fosB,MepR(Ala103Val), RpoC(His857Arg).Alcomparar con la cepa inicial SAMS1, las cepas SAMS2, SAMS3, y SA2presentaron mutaciones en Nfo(Ser41Arg), AroB(Tyr331Asp), FtsW(Glu177Gly), y una mutacion intergénica.SA2presentó adicionalmente mutaciones en PBP2(Ala450Asp), Stp1(del Tyr7fs), YvqF(Ala 152Thr), y RpoE(insSer15fs).Las4 cepas resultaron sensibles a VAN y TEI por Vitek, pero SA2 mostróun aumento en la CIM a TEI (4 µg/ml) respecto de SAMS1 (1 µg/ml), yademás fue positiva por predifusión para hVISA (halos para VAN yTEI de 25 y 19 mm respectivamente) a diferencia de SAMS1 (halos paraVAN y TEI de 26 y 28 mm respectivamente).Conclusiones:Lasmutaciones en los genes pbp2,ftsW,stp1e yvqF(asociadasa modificaciones en la síntesis de peptidoglicano) podríanjustificar la resistencia a OXA y la disminución de la sensibilidada TEI observados en SA2.Estetrabajo reporta la adquisición gradual y coexistencia de varioscambios genómicos seleccionados intra tratamiento con antibióticos,que contribuirían con el desarrollo de resistencia.Sedestaca la utilidad de la técnica de NGS para detectar genes ymutaciones relacionadas con la resistencia a antibióticos.pre { direction: ltr; color: rgb(0, 0, 10); text-align: left; }pre.western { font-family: "Liberation Mono", "Courier New", serif; }pre.cjk { font-family: "Nimbus Mono L", "Times New Roman"; }pre.ctl { font-family: "Liberation Mono", "Courier New"; }p { margin-bottom: 0.1in; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 10); line-height: 120%; text-align: left; }p.western { font-family: "Liberation Serif", "Times New Roma", serif; font-size: 12pt; }p.cjk { font-family: "Noto Sans CJK SC Regular", "Times"; font-size: 12pt; }p.ctl { font-family: "FreeSans", "Times New Roman"; }