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Estudios previos sobre la composición genética de poblaciones nativas americanas del centro de Argentina nos permitieron proponer la existencia de un estrecho vínculo entre la región central y el centro-oeste de Argentina y una gran cohesión entre las poblaciones del centro del país con aquellas de Patagonia y Tierra del Fuego, lo cual sugiere un origen común y/o sostenido flujo génico. Con el objetivo de aportar a esta discusión, presentamos información basada en el análisis de mitogenomas de 92 muestras actuales y 23 antiguas del centro de Argentina. Se construyeron árboles filogenéticos y redes filogeográficas para explorar las afinidades genéticas existentes, incluyendo secuencias disponibles en la literatura. Los resultados revelan que, si bien algunas muestras antiguas presentan mutaciones privadas, la mayoría forma parte de ramas monofiléticas definidas por muestras actuales, lo cual sugiere una continuidad regional de linajes maternos entre poblaciones antiguas y actuales en el centro de Argentina. Por otra parte, se describe un gran número de subclados nuevos, la mayoría agrupados en clados con centro de distribución en el centro y centro-oeste de Argentina. La identificación de estos linajes locales sugiere la existencia de una metapoblación con una historia evolutiva particular. Finalmente, los haplotipos que presentan afinidades con otras poblaciones pueden agruparse en tres categorías: 1-con elevada afinidad, que evidencian un contacto reciente (con Gran Chaco y NOA), 2-con afinidad intermedia, que podrían representar una versión local y diferenciada (con Patagonia); y 3-muy diferenciados, que sugieren una separación temporal profunda (con América del Norte y norte de Sudamérica).

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