Detección de patógenos en poblaciones antiguas de la provincia de Córdoba mediante análisis paleogenómicos (4000-300 años AP)

RAMIREZ, DARÍO ALEJANDRO; GIFFIN, KAREN; SITTER, LESLEY T.; DA PEÑA, GABRIELA V.; PASTOR, NICOLÁS; KIRKPATRICK, CASEY T.; SARIO, GISELA M.; DEMARCHI, DARÍO A.; FABRA, MARIANA; BOS, KIRSTEN I.; NORES, RODRIGO

Córdoba

Jornada; XVI Jornadas Nacionales de Antropología Biológica; 2023

Asociación de Antropología Biológica Argentina

La aplicación de las técnicas de secuenciamiento masivo en paralelo ha permitido en la última década avanzar en la detección y caracterización de patógenos en distintos materiales arqueológicos, incrementándose considerablemente el volumen de información obtenida sobre la dispersión y prevalencia de enfermedades infecciosas en el pasado. Así, el objetivo de este trabajo fue recuperar ADN antiguo (ADNa) pertenecientes a microorganismos patógenos aplicando técnicas paleogenómicas en muestras dentarias (n=59) y de huesos con lesiones sugestivas de procesos infecciosos (n=28), pertenecientes a 60 individuos recuperados mediante tareas de arqueología de rescate en la Provincia de Córdoba, con una antigüedad de 300-4000 años. Para ello, se extrajo el ADN y se construyeron librerías genómicas en las instalaciones del Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Alemania, las cuales fueron secuenciadas por shotgun sequencing, para conocer la composición microbiana de las muestras. Las secuencias obtenidas fueron procesadas mediante el pipeline bioinformático HOPS (Heuristic Operations for Pathogen Screening) para identificar ADNa de patógenos, permitiendo sugerir la presencia de Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus pyogenes y Treponema pallidum en 5 individuos. El ADNa de dichas especies fue enriquecido mediante captura por hibridación, empleando sondas específicas, y secuenciado. Esto permitió confirmar la presencia de estas bacterias en 4 individuos, y reconstruir los genomas bacterianos con una profundidad de 0,6-11,5X. Se discutirá la relación entre la ocurrencia de dichos patógenos en estas poblaciones antiguas y sus modos de vida, las posibles interacciones ecológicas intervinientes, y las potenciales implicancias para su salud, así como reconstrucciones filogenéticas de cada especie en particular.