TcSNP, una base de datos de polimorfismos para Trypanosoma cruzi

CARMONA S, ACKERMANN A, AGÜERO FG.

Chascomús, Buenos Aires, Argentina

Congreso; XXII Reunión Anual, Sociedad Argentina de Protozoología.; 2007

Sociedad Argentina de Protozoología

<!-- @page { size: 21.59cm 27.94cm; margin: 2cm } P { margin-bottom: 0.21cm } --> A partir de la información disponible en bases de datos públicas para Trypanosoma cruzi en el laboratorio hemos compilado un mapa genómico de polimorfismos de una base (SNPs). En el laboratorio estamos desarrollando una base de datos accesible vía web para asistir en la realización de búsquedas relevantes sobre los datos. En este trabajo presentamos una versión preliminar, de esta aplicación web llamada TcSNP. Esta herramienta permite realizar consultas sobre los datos existentes y visualizarlos. Por ejemplo es posible llegar a un conjunto de SNPs para un determinado gen, a partir de búsquedas basadas en criterios comunes a otras bases de datos: nombre del gen, identificadores, palabras clave, etc. También es posible arribar a un conjunto de SNPs mediante criterios tales como probabilidad del SNP (chances de que sea un verdadero polimorfismo), presencia/ausencia en cepas de interés (si existen los datos), efecto del SNP sobre la secuencia proteica (introducción de cambios no sinónimos) o sobre la secuencia de reconocimiento de enzimas de restricción (putativos RFLPs). La aplicación, actualmente en desarrollo activo, está escrita en Perl.