Identificación a escala genómica de polimorfismos en Trypanosoma cruzi

ACKERMANN A, SANCHEZ DO, AGÜERO FG.

Chascomús, Buenos Aires, Argentina

Congreso; XXII Reunión Anual, Sociedad Argentina de Protozoología.; 2007

Sociedad Argentina de Protozoología

<!-- @page { size: 21.59cm 27.94cm; margin: 2cm } P { margin-bottom: 0.21cm } --> Los polimorfismos de una base (SNPs) representan la mayor fuente de variación en los genomas. Por su estabilidad en las poblaciones son útiles como marcadores genéticos para mapeo físico, estudios evolutivos y de asociación. En este trabajo presentamos un mapa genómico de SNPs paraTrypanosoma cruzi, obtenido a partir del análisis de secuencias disponibles en bases de datos públicas. Utilizando una estrategia similar a la de reconstrucción de transcriptos, agrupamos secuencias codificantes provenientes del proyecto genoma (19,607 secuencias del clon CL-Brener) y secuencias de tipo EST (13,968 secuencias), mRNA (544 secuencias) y cDNA (2,119 secuencias). A partir de estas secuencias obtuvimos 8,237 alineamientos múltiples, en los cuales identificamos 243,490 SNPs putativos. En base a la frecuencia alélica en cada posición y a un valor estimado de calidad para cada secuencia, calculamos valores de probabilidad para cada SNP. En base a este análisis obtuvimos 180,305 SNPs (74%) con una probabilidad > 0.7. A partir de estos SNPs, identificamos aquellos que resultan en un cambio de aminoácido en la proteína (introducen un codón de stop prematuro o corresponden a cambios no-sinónimos), y aquellos que ocurren dentro de sitios de reconocimiento de enzimas de restricción.