Desarrollo y validación de marcadores SNP y SSR a partir de ddRADseq para la identificación y estudios de diversidad genética de cultivares de ciruelo

ACUÑA, CINTIA V.; AGUIRRE, NATALIA C.; VILLALBA, PAMELA V.; GARCIA, MARTÍN N.; RIVAS, JUAN G.; MARTINEZ, M. CAROLINA; FILIPPI, CARLA V.; CERRILLO, TERESA; SANCHEZ, GERARDO; VALENTINI, GABRIEL; HOPP, H. ESTEBAN ; MARCUCCI POLTRI, SUSANA N.

Simposio; XIV SIMPOSIO REDBIO ARGENTINA; 2023

Las técnicas de análisis genómico que se basan en la secuenciación masiva han generadouna revolución en la última década en distintas áreas de la biología, y particularmenteen el estudio de la diversidad biológica. En ese sentido, la técnica de ddRADseq (doubledigestion restriction site associated DNA sequencing) hace uso de la secuenciaciónmasiva de fragmentos obtenidos por el corte del genoma con dos enzimas de restricción.A partir de estas secuencias se pueden detectar marcadores SNP (Single NucleotidePolymorphism, polimorfismo de un solo nucleótido) y SSR (Simple Sequence Repeats,repeticiones de secuencias simples o microsatélites).Como parte de la caracterización y rescate de recursos fitogenéticos, el INTA (Argentina)tiene como propósito la conservación del germoplasma de especies frutalestradicionales como los ciruelos, adaptados a la región del Delta del río Paraná.En este contexto, el objetivo de este trabajo fue utilizar la técnica de ddRADseq paraanalizar la variabilidad genética de las variedades de Prunus salicina Lindl (ciruelojaponés) desarrolladas en las islas (34°12′01.62′′ S, 58°40′07.66′′ W) e implantadas en lasEEA Delta y EEA San Pedro (Pcia de Bs. As., Argentina), incluyendo un cultivar de Prunusdomestica Lindl (ciruelo europeo). Se evaluó la diversidad genética de una colección de 33 variedades de ciruelo medianteel análisis de marcadores SNP y SSR. Utilizando las enzimas de restricción PstI y MboI enla técnica de ddRADseq, se generaron los fragmentos que fueron analizados con losprogramas Stacks v1.48 y MIcroSAtellite (MISA) para la búsqueda de ambos tipos demarcadores, respectivamente. La comparación de las secuencias obtenidas con elgenoma de referencia de P. salicina v2.0 permitió mapear un promedio de 75% de lassecuencias e identificar 161281 SNPs en 73420 regiones (entre 300 y 450 pb de largo;2,2 SNPs por región), conjuntamente con 2841 SSR, de los cuales 442 fueronpolimórficos para las 33 muestras. Se realizaron análisis de distancia genética (DAS) y deagrupamiento (UPGMA) con ambos tipos de marcadores los cuales mostraron que lasvariedades fueron genéticamente únicas, descartándose así posibles casos de sinonimia.En conclusión, el análisis con estos nuevos marcadores moleculares permitió estudiar lavariabilidad genética de las variedades (que resultó de moderada a alta), ladiscriminación de las mismas y contar con el perfil genético de cada variedad de ciruela,datos complementarios que fueron utilizados para inscripción en el INASE de cincovariedades. Este estudio molecular realizado contribuye a la caracterización ydisponibilidad del germoplasma regional adaptado a distintos sistemas de producción ycondiciones agroclimáticas para nuestro país.