Diagnóstico molecular de Norovirus en ganado bovino mediante RT-PCR

FERRAGUT FATIMA, BADARACCO ALEJANDRA, MIÑO SAMUEL, MAUROY AXEL, THIRY ETIENNE, BARRANDEGUY MARÍA, PARREÑO VIVIANA

Valle Hermoso

Otro; XXXII Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de Virología; 2012

Sociedad Argentina de Virología

Los Norovirus (NoV) pertenecen a la familia Caliciviridae. Son virus no envueltos de simetría icosaédrica (T=3) y poseen un genoma de RNA simple cadena, lineal, de sentido positivo. Norovirus constituye uno de los principales agentes causantes de gastroenteritis epidémica no bacteriana y esporádica en humanos, bovinos, porcinos y otras especies animales. En nuestro país, en particular, se carece de información sobre la incidencia y prevalencia de este virus en el ganado bovino. Por tal motivo, los objetivos de este trabajo son: estandarizar una RT-PCR (Retrotranscripción-Reacción en cadena de la polimerasa) para detectar NoV bovino, diagnosticar la presencia de NoV en muestras de materia fecal de ganado bovino argentino, realizar la caracterización molecular de los agentes virales que se detecten y estudiar la dinámica poblacional de los NoV circulantes en bovinos de Argentina, utilizando herramientas bioinformáticas. Hasta el momento, se analizaron un total de 70 muestras de materia fecal, provenientes de rodeos de tambo de Buenos Aires (n=51) y de Santa Fe (n= 19), recolectadas entre los años 2008 a 2012. Se realizó la extracción de ARN utilizando un kit comercial de QIAGEN siguiendo las recomendaciones del fabricante. Luego, mediante la estandarización de una RT-PCR de un solo paso (One-step RT-PCR), utilizando los primers CBECu F/R, se amplificó la región de la ARN polimerasa (ORF1). De las muestras positivas por RT-PCR, se llevó a cabo la purificación de ADN y la secuenciación del fragmento amplificado. Del total de muestras analizadas, 9 dieron positivas por RT-PCR, de las cuales dos fueron confirmadas por secuenciación. Varias de las muestras analizadas amplificaron bandas débiles, por lo cual se está intentando concentrar el producto de amplificación para poder determinar si corresponde a NoV bovino. Se realizaron análisis filogenéticos utilizando el fragmento de la Polimerasa obtenido por RT-PCR mediante el método de Neighbor Joining, con los modelos de sustitución nucleotídica Kimura 2 Parameter y Maximum Composite Likelihood. En los árboles filogenéticos obtenidos, ambas cepas se encontraron relacionadas a cepas del Genogrupo III. Una de las cepas agrupó con cepas pertenecientes al Genotipo 1 y la otra al Genotipo 2. A partir de estos resultados provisorios, se está intentando llevar a cabo la amplificación de la región del genoma que codifica para la proteína VP1 de la cápside (ORF2), para poder realizar con ello la genotipificación de las cepas encontradas. Según nuestro conocimiento, este es el primer reporte de la detección de NoV en muestras de materia fecal de bovinos de Argentina.