EVOLUCIÓN DEL SARS-COV-2 EN EL NOROESTE DE ARGENTINA DURANTE LA PRIMERA Y LA SEGUNDA OLA DE LA COVID-19

ZAMBRANA MONTAÑO R; FERNÁNDEZ F; CULASSO A; MARQUEZ N; DEBAT H; SALMERÓN MB; ZAMORA AM; RUÍZ DE HUIDOBRO G; COSTAS DE; ALABARSE G; CHARRE MA; FRIDMAN AD; MAMANI C; VACA F; RASKOVSKY V; LAVAQUE E; LESSER V; CAJAL P; AGÜERO F; TORRES C (ULTIMA AUTORIA COMPARTIDA); VIEGAS M

Congreso; XIII Congreso Argentino de Virología; 2021

Introducción. El ingreso y evolución del SARS-CoV-2 presenta características propias en cada región.Objetivos. Identificar los linajes circulantes del SARS-CoV-2 en el noroeste argentino (NOA) durante la primera y segunda ola de la COVID-19, y caracterizar su origen y evolución.Metodología. Se secuenciaron genomas completos de SARS-CoV-2 a partir de individuos provenientes de las provincias de Jujuy (n=93), Salta (n=89) y Tucumán (n=78), entre marzo 2020 y mayo 2021. Las secuencias obtenidas (protocolo ARTIC en plataforma MinION), junto con secuencias de referencia y secuencias obtenidas de GISAID (seleccionadas por BLAST), fueron analizadas filogenéticamente (software IQ-TREE v2.1, método de máxima verosimilitud).Resultados. Durante la primera ola (marzo 2020 - febrero 2021), las secuencias obtenidas (n=108) fueron asignadas a los linajes B.1.499 (76.9%), N.5 (10,2%), B.1.1.274 (3,7%) y B.1.1.348 (3,7%), y a otros en forma minoritaria. Para el linaje predominante B.1.499 se evidenció la presencia de al menos siete introducciones del SARS-CoV-2 en Jujuy y Salta, con grupos monofiléticos con secuencias de ambas provincias, lo que sugiere cadenas de transmisión comunes entre ambas provincias, pero no así con Tucumán. Las muestras secuenciadas de la segunda ola (n=152, marzo - mayo 2021) fueron asignadas a los linajes N.5 (27,6%), P.1 (25.7%), C.37 (11.8%), B.1.1.348 (9,9%), A.2.5 (5,9%), B.1.427 (5.9%), B.1.1.7 (4.6%), y a otros en forma minoritaria. Mientras que el linaje N.5 predominó durante el comienzo de la segunda ola, a partir de abril 2021, se observaron numerosas introducciones de los linajes P.1 (Gamma) y C.37 (Lambda) que se incrementaron durante mayo 2021.Conclusiones. En el NOA, la primera ola se caracterizó por la predominancia del linaje B.1.499, presente en toda la Argentina en ese período, mostrando una marcada regionalización, compatible con las restricciones de movimiento. Mientras que, en la segunda ola, predominaron los linajes N.5, C.37 y P.1.