Desarrollo y aplicación de una herramienta bioinformática para la identificación de coinfecciones inter- e intra- linaje de SARS-CoV-2

SOSA E; GOYA S; TORRES C; KÖNIG GA; ACUÑA D; LUSSO S; NABAES JODAR M; NATALE M; ACEVEDO ME; ALEXAY S; LOPEZ C; CIPELLI J; FERNANDEZ DO PORTO D; LOBARTA N; MARTI M; MEDINA ; THOMAS G; TURJANSKI A; STREITENBERGER C; ZAIAT J; MISTCHENKO A; VALINOTTO L; AULICINO P; VIEGAS M

Congreso; XIII Congreso Argentino de Virología; 2021

La identificación de coinfecciones con dos virus SARS-CoV-2 es técnicamente compleja debido a la baja diversidad genética posible de ser detectada y la potencialidad de contaminación durante el trabajo de laboratorio. Por esto, a pesar de la importancia de la coinfección de SARS-CoV-2 en un escenario de cocirculación de variantes virales de interés, la implementación de vacunas y la probabilidad de recombinación viral; el impacto epidemiológico de estos hechos sigue siendo desconocido.En este trabajo se analizó un set de 102 genomas de SARS-CoV-2 obtenidos de pacientes sintomáticos entre junio y diciembre de 2020 en la CABA secuenciados por la tecnología Illumina en el marco de trabajo del ?Proyecto PAIS?. Para buscar la presencia de coinfecciones, se desarrolló un script que mapea las posiciones del FASTQ contra una secuencia de referencia de SARS-CoV-2 e identifica los SNP con una frecuencia mínima del 20% (lf-SNP) (https://github.com/ProyectoPAIS/CoV-2-co-infections)El 98% de las secuencias mostraron 0-2 lf-SNP. Dos secuencias (PAIS-A0410 y PAIS-A0403) presentaron 6 y 29 lf-SNP, respectivamente. Para PAIS-A0410, los SNP de alta y baja frecuencia se vincularon al linaje N.5, lo que sugiere una coinfección intralinaje; pero a partir de información epidemiológica adicional, podría ser un caso de evolución intrapaciente. Por otra parte, en PAIS-A0403 se identificaron SNP de distintos linajes, pero se detectó que los lf-SNP eran idénticos a otra muestra del set de datos analizado indicando posible contaminación durante el trabajo de mesada.Con nuestro desarrollo bioinformático demostramos que es posible identificar la presencia de coinfecciones y/o evolución intrapaciente, discriminando los casos de contaminación de laboratorio. La aplicación de este análisis junto a la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 aporta información de gran importancia epidemiológica, de relevancia para la comprensión de la emergencia de variantes virales de preocupación.