DINÁMICA Y EVOLUCIÓN DE LA VARIANTE GAMMA (LINAJE P.1) DEL SARS-COV-2 EN ARGENTINA.

ZAMBRANA MONTAÑO R; NABAES JODAR M; GOYA S; ACUÑA D; ACEVEDO RM; AMADIO A; BRUSES B; CEBALLOS S; DEBAT H; EBERHARDT MF; FERNANDEZ A; FERNANDEZ F; FORMICHELLI L; GALLEGO F; GRAMUNDI I; IRAZOQUI M; KONIG G; LORENZINI CAMPOS M; LUCERO H; MARQUEZ N; MAZZEO M; MUSSIN J; NARDI C; ORIA GI; OUSSET J; PIANCIOLA L; PINTOS C; PUEBLA A; RASTELLINI C; ROJAS E; VALINOTTO L; ZIEHN C; PROYECTO PAIS; TORRES C (ULTIMA AUTORIA COMPARTIDA); VIEGAS M (ULTIMA AUTORIA COMPARTIDA)

Otro; XLII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2022

En Argentina, la pandemia de la COVID-19 se caracterizó por la existencia de cuatro olas de infecciones. La segunda ola, que alcanzó su punto máximo alrededor de mayo de 2021, tuvo la tasa de letalidad más alta registrada en la pandemia en el país. Esta ola se asoció con la introducción y rápida expansión de variantes de interés (VOI) y de preocupación (VOC), entre las que se incluye a la variante Gamma (linaje P.1 y sus sublinajes), caracterizada por ser una variante altamente transmisible con capacidad de evasión inmune. Dado su impacto en Argentina y Latinoamérica, este trabajo tuvo como objetivo analizar la dinámica evolutiva de la variante Gamma en Argentina. Para ello, se analizaron 625 secuencias de genoma completo de SARS-CoV-2 pertenecientes a la variante Gamma de individuos diagnosticados con la COVID-19 entre febrero y diciembre de 2021, obtenidas con las plataformas Oxford Nanopore o Illumina, en el contexto de la vigilancia molecular implementada por Proyecto PAIS.Para estudiar la introducción y diversificación de la variante Gamma, se realizaron análisis filogenéticos (software IQ-TREE v2.1, método de máxima verosimilitud) que incluyeron a las 625 secuencias obtenidas, secuencias con alta similitud (obtenidas de GISAID con previa selección por Audacity Instant) y secuencias de referencia. Además, se realizaron análisis filodinámicos para los grupos de secuencias argentinas más importantes (BEAST v1.10.4 software). Las secuencias argentinas pertenecieron al linaje P.1 (45,4%) y a los sublinajes P.1.15 (34,1%) y P.1.2 (17,8%), seguidos de P.1.14 (1,9%), P.1.17 (0,6%) y P.1.13 (0,2%). Se observaron varias introducciones de la variante Gamma al país, con grupos de secuencias relacionadas con Brasil, Chile y EEUU. Se encontraron tres grandes grupos de secuencias de Argentina para el linaje P.1 y uno para el sublinaje P.1.15, con distribución en distintas provincias argentinas, lo cual sugiere una amplia transmisión local y diversificación, con cadenas de transmisión comunes entre ellas. Para el sublinaje P.1.12, los grupos presentaron una distribución más limitada.El análisis filodinámico bayesiano de los tres grupos de P.1 mostró que los ancestros comenzaron su diversificación en el país entre fin de diciembre del 2020 y febrero del 2021, con una localización ancestral más probable en la provincia de Santa Fé para dos de ellos (probabilidad posterior del estado ancestral: 1,0 y 0,75) y en CABA para el restante (probabilidad posterior del estado ancestral: 0,71). Desde ambas regiones, el linaje P.1 se extendió a otras provincias argentinas. Los tres grupos presentaron tasas de evolución similares (4,2×10-4; 4,0×10-4 y 4,3×10-4 sustituciones por sitio por año). En conclusión, Gamma fue la principal variante en la segunda ola de la COVID-19 en Argentina, se originó a partir de varias introducciones y mostró una amplia distribución con cadenas de transmisión extendidas a lo largo del país.