ANÁLISIS EVOLUTIVO DE LA VARIANTE LAMBDA DE SARS-COV-2 EN ARGENTINA

NABAES JODAR M; TORRES C; ACUÑA D; AMADIO A; FERNANDEZ F; CEBALLOS S; PIANCIOLA L; PUEBLA A; GISMONDI MI; ZUNINO S; KONIG G; GRAMUNDI I; CERRI A; IRAZOQUI M; DEBAT H; MARQUEZ N; LUCERO H; NATALE M; GOYA S; LUSSO S; MISTCHENKO AS; DUS SANTOS MJ; NARDI C; GALLEGO F; MAZZEO M; FERNANDEZ A; OUSSET J; RASTELLINI C; PROYECTO PAIS; VALINOTTO L; VIEGAS M

Otro; XLII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2022

Desde el comienzo de la pandemia de COVID-19, América del Sur ha sido uno de los continentes más afectados. Desde diciembre de 2020, casi todas las variantes de preocupación y de interés de SARS-CoV-2 (VOC/VOI) descritas hasta el momento se han encontrado en Argentina, siendo Gamma y Lambda las variantes más frecuentes durante la segunda ola en el país. Una característica común de las variantes del SARS-CoV-2 es la presencia de mutaciones en la glicoproteína Spike (S). En particular, la glicoproteína S de Lambda contiene 6 sustituciones distintivas (G75V, T76I, L452Q, F490S, D614G y T859N) y una deleción de siete aminoácidos en el NTD (246-252del). La vigilancia molecular del SARS-CoV-2 centrada en el monitoreo de VOC/VOI fue implementada por el Consorcio PAIS a fines de 2020. La estrategia de vigilancia se basó en la detección de las mutaciones características en la proteína Spike en muestras recogidas semanalmente mediante la secuenciación de Sanger, así como la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2. El patrón característico de aminoácidos asociado con Lambda se encontró en 1239 de 9356 secuencias recolectadas entre octubre 2020 y abril 2022. Detectada por primera vez en enero de 2021, la frecuencia Lambda en Argentina aumentó progresivamente desde mediados de febrero y alcanzó un valor del 31.1 % a fines de abril de 2021. Sin embargo, el impacto de la variante Lambda fue heterogéneo en cada región del país y las mayores frecuencias se encontraron en el AMBA (44,7%, SE 17-18/2021) y Región Pampeana (27,4%, SE 33-34/2021). Se obtuvieron genomas completos de Lambda provenientes de 332 muestras respiratorias y se alinearon con secuencias de referencia de la base de datos GISAID para realizar análisis filogenéticos y filodinámicos. El árbol de Máxima Verosimilitud mostró un mínimo de 17 introducciones independientes deLambda en Argentina, donde de las 1263 secuencias argentinas incluidas, el 96% se asociaron en tres clados principales (I, II y III) y las secuencias restantes se dividieron en grupos más pequeños, así como 7 singletons que se intercalaron aleatoriamente con secuencias Lambda en su mayoría de Perú, Chile y Estados Unidos. A través de análisis filodinámicos se estimó la fecha del ancestro común más reciente (MRCA) de los tres clados principales (I, II y III). A su vez, el análisis filogeografico del Clado I indicó que la variante Lambda se extendió principalmente desde el Área Metropolitana de Buenos Aires hacia veintiún provincias. Además, la misma ha mostrado evidencia de transmisión más reciente entre otras provincias de Argentina. La vigilancia molecular y la reconstrucción filodinámica indicaron que la variante Lambda fue una de las variantes de COVID-19 más frecuentes en Argentina originada a partir de varias introducciones y mostrando una amplia distribución, donde una vez establecido en el AMBA, el linaje se extendió y diversifico a otras regiones, contribuyendo a la segunda ola de COVID-19 en América del Sur.