ESTIMACIÓN DE LA REDUNDANCIA Y ANOTACIÓN FUNCIONAL DE EST DE GENOTECAS DE PASTO LLORON [Eragrostis curvula (Schrad) Nees]

CERVIGNI, GDL; PANIEGO, N; ZANAZZI, D; PESSINO, S; ECHENIQUE, V

San Luis

Congreso; XXXV Congreso Argentino de Genética; 2006

Sociead Argentina de Genética

El pasto llorón  se reproduce preferentemente de forma apomíctica, constituyendo una especie ideal para identificar genes asociados a este modo reproductivo. El objetivo de este trabajo fue estimar el grado de redundancia presente en 4 genotecas de ADNc y realizar la anotación funcional de los transcriptos identificados. 4704 secuencias fueron incorporados a una colección caracterizada previamente de 7.721 Expressed Sequence Tags (ESTs) obtenidas de RNAm aislados de inflorescencias inmaduras del cultivar Tanganyika en distintos estados reproductivos produciendo 4 genotecas. Las 12.425 ESTs totales fueron procesadas con el programa CAP3 identificando 9.672 genes tentativos (GT), los cuales están representados por 7.654 singletons y 4.771 contigs. El análisis de estos GT usando BLASTX contra SwissProt permitió la anotación funcional de 3xxx GT y su categorización usando Gene_Ontology. El número de singletons, contigs y ESTs contenidos en estos últimos fueron utilizados para estimar el nivel de redundancia y la probabilidad de identificar transcriptos nuevos aumentando el número de secuencias dentro cada librería. Para ello se utilizó el programa ESTstat (Bioinformatics 2004  22:2973-84.), observándose por librería los valores de redundancia de 1.22 (EC02), 1.28 (EC01), 1.29 (EC04) y 1.35 (EC03). Estos datos permitieron predecir estadísticamente que incrementos en el número de EST de 0,5-2 veces dentro de cada librería aumentarían significativamente la identificación de nuevos GT, manteniendo bajo el grado de redundancia (entre 1.3 y 1.7). Estos resultados indican que nuevas rondas de secuenciación permitirán incrementar el número de genes de pasto llorón disponibles para el análisis del control genético de la apomixis.