Vigilancia epidemiológica basada en aguas residuales de variantes SARS-CoV-2, en la ciudad de Salta-Argentina

MAIDANA-KULESZA, MN ; POMA, HR; SANGUINO-JORQUERA, DG; CRUZ, CM; APARICIO GONZALEZ, MA ; RAJAL, VB

Córdoba

Simposio; REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL SOCIEDAD ARENTINA DE VIROLOGIA 2022; 2022

Asociación Argentina de Microbiología

Desde el comienzo de la pandemia hasta la actualidad han surgido mutaciones, deleciones y recombinaciones en el genoma de la cepa inicial de SARS-CoV-2 Wuhan. Estas se han asociado a cambios en la tasa de transmisibilidad y mortalidad, al aumento en la capacidad de causar reinfecciones y de infectar a personas inmunizadas y exhibieron susceptibilidad reducida a terapias con anticuerpos monoclonales. En ese marco, la vigilancia de aguas residuales se consolidó como importante herramienta epidemiológica. En Salta nuestro grupo de investigación demostró la correlación entre la concentración de SARS-CoV-2 en las aguas residuales y el número de casos de COVID-19 en la población, convirtiéndose en una potencial herramienta de alerta temprana para la salud pública. El objetivo del trabajo fue caracterizar la dinámica de las variantes de SARS-CoV-2 que emergieron a lo largo de la pandemia, a partir de muestras de aguas residuales de la ciudad de Salta. Se analizaron aguas residuales de 6 bocas de registro, entre febrero y diciembre de 2021, que reciben en total las excretas del 80% de la población de la ciudad de Salta. Las muestras se analizaron en el LAgS. Primero se desactivaron a 60 °C por 90 minutos. Se realizó la concentración viral con polietilenglicol y centrifugación. El pellet obtenido se resuspendió en TRIzol™ y luego se realizó la extracción de ARN. Se realizó la RT-qPCR del gen N1 de SARS-CoV-2 y para identificar las mutaciones puntuales que caracterizan a las variantes se utilizó el kit TaqMan™ SAR.S-CoV-2 Mutation Panel. Durante los primeros meses de muestreo no se detectaron variantes de interés y preocupación. En el mes de marzo se observó un repentino aumento en la frecuencia de la variante Lambda (C.37) en coexistencia con las variantes Alfa (B.1.1.7) y Gamma (P.1). La frecuencia de detección de Alfa en todos los casos fue de menor magnitud en comparación con la frecuencia y porcentaje de detección de Gamma y Lambda. Estas dos últimas variantes se extendieron a lo largo de casi todos los meses de muestreo, alternando picos máximos en los meses de abril, mayo, junio, julio y agosto, disminuyendo su frecuencia en el mes de septiembre. Durante el mes de julio se pudo observar la aparición de la cepa Mu (B.1.621) que exhibió un pico máximo en septiembre, pero rápidamente fue desplazada por la aparición de la cepa Delta (B.1.167.2). Se observaron picos de Delta en septiembre y octubre y luego su frecuencia comenzó a descender en diciembre con la aparición de la cepa Ómicron (B.1.1.529). La epidemiologia basada en aguas residuales resultó una buena herramienta para la vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 en la ciudad de Salta, brindando información de gran utilidad para los gestores de salud pública, para una correcta toma de decisiones.