ANÁLISIS INTEGRADO DE DATOS TRANSCRIPTÓMICOS PARA LA CLASIFICACIÓN MOLECULAR DE LA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA PEDIÁTRICA

RUIZ, MARÍA SOL; ABBATE, MERCEDES; SOSA, EZEQUIEL; RICCHERI, CECILIA; GUERON, GERALDINE; COTIGNOLA, JAVIER

Mar del Plata

Congreso; XXVI Congreso Argentino de Hematología; 2023

Sociedad Argentina de Hematología

Introducción: La Leucemia linfoblástica aguda (LLA) es una entidad genéticamente heterogénea. La clasificación molecular al momento del diagnóstico tiene gran importancia ya que permite la identificación de subtipos con valor pronóstico y sienta las bases para el diseño de nuevas estrategias terapéuticas. Objetivos: Como objetivo principal se planteó identificar nuevos subtipos moleculares de LLA a partir de datos transcriptómicos implementando diferentes herramientas bioinformáticas. Como objetivo secundario se quiso evaluar el desempeño y limitaciones de cada una de estas herramientas. Materiales y métodos: A partir de la secuenciación del transcriptoma completo (RNA-seq, Illumina) de muestras de médula ósea al momento del diagnóstico de pacientes pertenecientes al protocolo ALLIC-GATLA-2010 (n=32), se analizó el perfil de expresión génica, transcriptos de fusión y variantes de nucleótido único, a través de las herramientas ALLsorts, Star-Fusion y RNAmut. Estos resultados se compararon con los resultados obtenidos con estudios citogenéticos y moleculares de rutina. Resultados: Los análisis transcriptomicos lograron identificar los siguientes subtipos moleculares de LLA: DUX4 (12%), DUX4/Hiperdiploide (3%), ETV6::RUNX1 (19%), ETV6::RUNX1-like (6%), hiperdiploide (37%), MEF2D (3%), PAX5alt (6%), Ph-like (6%), TCF3::PBX1 (3%) y ZNF384 (3%). Tres pacientes (9%) no pudieron ser asignados a un subtipo específico. La clasificación por ALLsorts presentó 4 (12%) discordancias que incluían los subtipos ETV6::RUNX1 e hiperdiploide. Se detectaron transcriptos de fusión que no son evaluados en la rutina clínica pero han sido previamente reportados en LLA: DUX4::IGH, PAX5::ETV6, EP300::ZNF384, TCF3::FLI1, MEF2D::BCL9. También se identificaron fusiones previamente no reportadas, haciendo un total de 82 fusiones (23% intercromosómicas, 77% intracromosómicas). En un paciente de subtipo DUX4 se detectó el transcripto de fusión intracromosómico ERG::LINC01423, sugerente de una deleción en el gen ERG de 112 Kb. Conclusiones: La integración de distintas herramientas bioinformáticas permitió realizar la clasificación molecular de la LLA a partir de la secuenciación del transcriptoma. Por primera vez se identificaron subtipos moleculares previamente clasificados como “B-other” en pacientes del protocolo ALLIC-GATLA-2010, permitiendo la obtención de muestras de referencia para futuros estudios y complementando la clasificación molecular obtenida mediante los métodos tradicionales en estos pacientes.